- p -

• paint() : denoptim.gui.GUIGraphHandler, denoptim.gui.JmolPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• ParallelAsynchronousTaskExecutor() : denoptim.task.ParallelAsynchronousTaskExecutor
• ParallelConformerExtractionAlgorithm() : denoptim.fragmenter.ParallelConformerExtractionAlgorithm
• ParallelFragmentationAlgorithm() : denoptim.fragmenter.ParallelFragmentationAlgorithm
• ParametersForm() : denoptim.gui.ParametersForm
• parametrized() : denoptim.fitness.Variable
• ParametrizedDescriptorDefinition() : denoptim.gui.FitnessParametersForm.ParametrizedDescriptorDefinition
• paramTypeName() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• parentsSurvive() : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• parse() : denoptim.fitness.FitnessExpressionParser
• parseCSDFormula() : denoptim.utils.FormulaUtils
• parseFormula() : denoptim.utils.FormulaUtils
• parseInt() : denoptim.graph.Edge.BondType, denoptim.graph.Vertex.BBType
• parseStr() : denoptim.graph.Edge.BondType
• parseVertexFromSDFFormat() : denoptim.graph.Vertex
• pathMustBeReadableWritable() : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• PathSubGraph() : denoptim.graph.rings.PathSubGraph
• PausableTableModelListener() : denoptim.gui.FragmentViewPanel.PausableTableModelListener, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel.PausableTableModelListener, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.PausableTableModelListener
• performCrossover() : denoptim.ga.GraphOperations
• performFBCC() : denoptim.ga.EAUtils
• performMutation() : denoptim.ga.GraphOperations
• performPSSROT() : denoptim.integration.tinker.ConformationalSearchPSSROT
• performRandomSelection() : denoptim.ga.SelectionHelper
• performRWS() : denoptim.ga.SelectionHelper
• performSUS() : denoptim.ga.SelectionHelper
• performTournamentSelection() : denoptim.ga.SelectionHelper
• pickFile() : denoptim.gui.GUIFileOpener
• pickFileForSaving() : denoptim.gui.GUIFileOpener
• pickFileForSavingCuttingRules() : denoptim.gui.GUIFileSaver
• pickFileForSavingGraphs() : denoptim.gui.GUIFileSaver
• pickFileForSavingVertexes() : denoptim.gui.GUIFileSaver
• pickFileForTxtField() : denoptim.gui.GUIFileOpener
• pickFileOrFolder() : denoptim.gui.GUIFileOpener
• pickFileWithGraph() : denoptim.gui.GUIFileOpener
• pickFolder() : denoptim.gui.GUIFileOpener
• pickFolderForTxtField() : denoptim.gui.GUIFileOpener
• pickManyFiles() : denoptim.gui.GUIFileOpener
• pickNewCandidateGenerationMode() : denoptim.ga.EAUtils
• populateListOfClusterizableFragments() : denoptim.fragmenter.ConformerExtractorTask
• Population() : denoptim.ga.Population
• possiblyReadParamsFromFSParFile() : denoptim.gui.FSParametersForm
• preliminatyTasksUponImportingParams() : denoptim.gui.FitnessParametersForm, denoptim.gui.ParametersForm
• prepare() : denoptim.fragspace.APMapFinderTest, denoptim.fragspace.GraphLinkFinderTest, denoptim.ga.EAUtilsTest, denoptim.ga.GraphOperationsTest, denoptim.ga.PopulationTest, denoptim.graph.DGraphTest
• prepareFilesForTests() : denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters
• prepareMolToFragmentation() : denoptim.fragmenter.FragmenterTools
• prepareWorkSpace() : denoptim.gui.GUIPrepare
• preSelectAPs() : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel
• print() : denoptim.utils.Randomizer
• printAllParamsToFile() : denoptim.gui.GUIPrepare
• printErrorToFile() : denoptim.task.ProgramTask
• printHeader() : denoptim.logging.Monitor
• printIC() : denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule
• printMemoryDetails() : denoptim.utils.GeneralUtils
• printParameters() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• printSnapshot() : denoptim.logging.Monitor
• printSummary() : denoptim.logging.Monitor
• prioritizeAtomList() : denoptim.utils.AtomOrganizer
• processAtom() : denoptim.utils.AtomOrganizer
• processCombinationOfEndPoints() : denoptim.ga.GraphOperations
• processEdge() : denoptim.gui.JUNGGraphSnapshot
• processExternalCmdFile() : denoptim.ga.ExternalCmdsListener
• ProcessHandler() : denoptim.task.ProcessHandler
• processInitialPopCandidate() : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• processOtherParameters() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• processParameters() : denoptim.fitness.FitnessParameters, denoptim.fragspace.FragmentSpaceParameters, denoptim.graph.rings.RingClosureParameters, denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters, denoptim.programs.denovo.GAParameters, denoptim.programs.fitnessevaluator.FRParameters, denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters, denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunnerParameters, denoptim.programs.grapheditor.GraphEdParameters, denoptim.programs.graphlisthandler.GraphListsHandlerParameters, denoptim.programs.isomorphism.IsomorphismParameters, denoptim.programs.mol2graph.Mol2GraphParameters, denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters, denoptim.programs.RunTimeParameters
• processPermutationOfEndPoints() : denoptim.ga.GraphOperations
• processSdfString() : denoptim.graph.AttachmentPoint
• processValue() : denoptim.fitness.FitnessProvider
• processVertex() : denoptim.gui.JUNGGraphSnapshot
• ProgramTask() : denoptim.task.ProgramTask
• projectAPsToProperties() : denoptim.graph.Fragment
• projectListAPToAtomProperties() : denoptim.graph.Fragment
• projectPropertyToAP() : denoptim.graph.Fragment
• projectToClonedGraphs() : denoptim.ga.XoverSite
• propertyChange() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.TrgRemovalListener, denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel.MouseModeChoiceListener, denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel.NodeClickedListener
• protectEditedSystem() : denoptim.gui.GUIGraphHandler, denoptim.gui.GUIVertexInspector
• purgeListRotatableBonds() : denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel
• put() : denoptim.ga.Population.XoverSitesAmongCandidates, denoptim.graph.APTreeMap
• putAPsFromTableIntoIAtomContainer() : denoptim.gui.FragmentViewPanel
• putParametersToString() : denoptim.gui.FitnessParametersForm, denoptim.gui.FSEParametersForm, denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm, denoptim.gui.GUIPrepareFitnessRunner.InputForm, denoptim.gui.IParametersForm, denoptim.gui.ParametersForm