Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- p -

• p3d : denoptim.json.LWAtom
• paint() : denoptim.gui.GUIGraphHandler, denoptim.gui.JmolPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• painted : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• panelCapping : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• panelCPMap : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• panelCPRules : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• panelFrbEnd : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• ParallelAsynchronousTaskExecutor() : denoptim.task.ParallelAsynchronousTaskExecutor
• ParallelConformerExtractionAlgorithm() : denoptim.fragmenter.ParallelConformerExtractionAlgorithm
• ParallelFragmentationAlgorithm() : denoptim.fragmenter.ParallelFragmentationAlgorithm
• parallelizationScheme : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• paramAR11 : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• paramAR12 : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• paramBR11 : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• paramBR12 : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• ParametersForm() : denoptim.gui.ParametersForm
• parametrized() : denoptim.fitness.Variable
• ParametrizedDescriptorDefinition() : denoptim.gui.FitnessParametersForm.ParametrizedDescriptorDefinition
• PARAMNAMES : denoptim.fitness.descriptors.SocketProvidedDescriptor, denoptim.fitness.descriptors.TanimotoMolSimilarity, denoptim.fitness.descriptors.TanimotoMolSimilarityBySubstructure
• params : denoptim.fitness.Variable
• paramsToTune : denoptim.gui.FitnessParametersForm
• paramType : denoptim.programs.RunTimeParameters
• paramTypeName() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• parent : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.GUIGraphHandler.showHideLabelsListener
• PARENTGRAPHTAG : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• parentPanel : denoptim.gui.GUICardPanel.removeCardActionListener
• parentsSurvive : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• parse() : denoptim.fitness.FitnessExpressionParser
• parseCSDFormula() : denoptim.utils.FormulaUtils
• parseFormula() : denoptim.utils.FormulaUtils
• parseInt() : denoptim.graph.Edge.BondType, denoptim.graph.Vertex.BBType
• parseStr() : denoptim.graph.Edge.BondType
• parseVertexFromSDFFormat() : denoptim.graph.Vertex
• pathConfSearchExtraTol : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• pathConfSearchStep : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• pathMustBeReadableWritable() : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• pathname : denoptim.ga.ExternalCmdsListener, denoptim.integration.python.Py4JGetawayServer
• pathNameToFile : denoptim.graph.CandidateLW
• PathSubGraph() : denoptim.graph.rings.PathSubGraph
• pathToSelectedItem : denoptim.gui.GUIInspectFSERun, denoptim.gui.GUIInspectGARun
• PausableTableModelListener() : denoptim.gui.FragmentViewPanel.PausableTableModelListener, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel.PausableTableModelListener, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.PausableTableModelListener
• performCrossover() : denoptim.ga.GraphOperations
• performFBCC() : denoptim.ga.EAUtils
• performMutation() : denoptim.ga.GraphOperations
• performPSSROT() : denoptim.integration.tinker.ConformationalSearchPSSROT
• performRandomSelection() : denoptim.ga.SelectionHelper
• performRWS() : denoptim.ga.SelectionHelper
• performSUS() : denoptim.ga.SelectionHelper
• performTournamentSelection() : denoptim.ga.SelectionHelper
• pi : denoptim.gui.GraphViewerPanel.VertexFillPaintTransformer
• pickFile() : denoptim.gui.GUIFileOpener
• pickFileForSaving() : denoptim.gui.GUIFileOpener
• pickFileForSavingCuttingRules() : denoptim.gui.GUIFileSaver
• pickFileForSavingGraphs() : denoptim.gui.GUIFileSaver
• pickFileForSavingVertexes() : denoptim.gui.GUIFileSaver
• pickFileForTxtField() : denoptim.gui.GUIFileOpener
• pickFileOrFolder() : denoptim.gui.GUIFileOpener
• pickFileWithGraph() : denoptim.gui.GUIFileOpener
• pickFolder() : denoptim.gui.GUIFileOpener
• pickFolderForTxtField() : denoptim.gui.GUIFileOpener
• pickManyFiles() : denoptim.gui.GUIFileOpener
• pickNewCandidateGenerationMode() : denoptim.ga.EAUtils
• pnlAPC2BO : denoptim.gui.GUIAPClassDefinitionDialog
• pnlAPCName : denoptim.gui.GUIAPClassDefinitionDialog
• pnlAtmToAP : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• pnlChartPointSize : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• pnlChop : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• pnlControls : denoptim.gui.GUIModalDialog
• pnlDDValueParams : denoptim.gui.FitnessParametersForm
• pnlDelSel : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• pnlEditVrtxBtns : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• pnlEmptFrag : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• pnlEvoChartLegend : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• pnlGraphNodeSize : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• pnlGraphTxtSize : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• pnlImportStruct : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• pnlMntChartLegend : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• pnlMouseMode : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• pnlSaveEdits : denoptim.gui.GUIGraphHandler, denoptim.gui.GUIVertexInspector
• pnlShowLabels : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• pnlSMILESTo3D : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• pnlTmpSpace : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• points : denoptim.fragmenter.DynamicCentroidCluster
• populateListOfClusterizableFragments() : denoptim.fragmenter.ConformerExtractorTask
• population : denoptim.ga.OffspringEvaluationTask
• Population() : denoptim.ga.Population
• populationSize : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• populationUpdate : denoptim.ga.Population
• port : denoptim.fitness.descriptors.SocketProvidedDescriptor
• possiblyReadParamsFromFSParFile() : denoptim.gui.FSParametersForm
• precisionLevel : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• preferredHeight : denoptim.gui.CuttingRulesSelectionDialog, denoptim.gui.GUIAPClassDefinitionDialog, denoptim.gui.GUIPreferencesDialog, denoptim.gui.ParametersForm
• preFilter : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• preFilterSMARTS : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• preliminaryResults : denoptim.fragmenter.FragmenterTask
• preliminatyTasksUponImportingParams() : denoptim.gui.FitnessParametersForm, denoptim.gui.ParametersForm
• prepare() : denoptim.fragspace.APMapFinderTest, denoptim.fragspace.GraphLinkFinderTest, denoptim.ga.EAUtilsTest, denoptim.ga.GraphOperationsTest, denoptim.ga.PopulationTest, denoptim.graph.DGraphTest
• prepareChkAndSerForTests : denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters
• prepareFilesForTests() : denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters
• prepareMolToFragmentation() : denoptim.fragmenter.FragmenterTools
• prepareWorkSpace() : denoptim.gui.GUIPrepare
• prepFSETabUID : denoptim.gui.GUIPrepareFSERun
• prepGATabUID : denoptim.gui.GUIPrepareGARun
• prepVrtxTabUID : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• preSelectAPs() : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel
• PRESELECTEDAPSFIELD : denoptim.gui.GUIVertexSelector
• PRESELECTEDAPSFIELDSEP : denoptim.gui.GUIVertexSelector
• prettyName : denoptim.logging.CounterID
• print() : denoptim.utils.Randomizer
• printAllParamsToFile() : denoptim.gui.GUIPrepare
• printErrorToFile() : denoptim.task.ProgramTask
• printHeader() : denoptim.logging.Monitor
• printIC() : denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule
• printMemoryDetails() : denoptim.utils.GeneralUtils
• printParameters() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• printSnapshot() : denoptim.logging.Monitor
• printSummary() : denoptim.logging.Monitor
• prioritizeAtomList() : denoptim.utils.AtomOrganizer
• priority : denoptim.programs.fragmenter.CuttingRule
• PRNG : denoptim.gui.GUI
• problem : denoptim.utils.ManySMARTSQuery
• problems : denoptim.utils.ManySMARTSQuery
• proc : denoptim.task.ProcessHandler
• processAtom() : denoptim.utils.AtomOrganizer
• processCombinationOfEndPoints() : denoptim.ga.GraphOperations
• processEdge() : denoptim.gui.JUNGGraphSnapshot
• processExternalCmdFile() : denoptim.ga.ExternalCmdsListener
• ProcessHandler() : denoptim.task.ProcessHandler
• processHandler : denoptim.task.Task
• processInitialPopCandidate() : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• processOtherParameters() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• processParameters() : denoptim.fitness.FitnessParameters, denoptim.fragspace.FragmentSpaceParameters, denoptim.graph.rings.RingClosureParameters, denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters, denoptim.programs.denovo.GAParameters, denoptim.programs.fitnessevaluator.FRParameters, denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters, denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunnerParameters, denoptim.programs.grapheditor.GraphEdParameters, denoptim.programs.graphlisthandler.GraphListsHandlerParameters, denoptim.programs.isomorphism.IsomorphismParameters, denoptim.programs.mol2graph.Mol2GraphParameters, denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters, denoptim.programs.RunTimeParameters
• processPermutationOfEndPoints() : denoptim.ga.GraphOperations
• processSdfString() : denoptim.graph.AttachmentPoint
• processValue() : denoptim.fitness.FitnessProvider
• processVertex() : denoptim.gui.JUNGGraphSnapshot
• ProgramTask() : denoptim.task.ProgramTask
• programTaskImpl : denoptim.main.Main.RunType
• PROGRESSBARUPDATE : denoptim.task.StaticTaskManager
• projectAPsToProperties() : denoptim.graph.Fragment
• projectListAPToAtomProperties() : denoptim.graph.Fragment
• projectPropertyToAP() : denoptim.graph.Fragment
• projectToClonedGraphs() : denoptim.ga.XoverSite
• properties : denoptim.graph.AttachmentPoint, denoptim.graph.Vertex
• property : denoptim.graph.RelatedAPPair
• propertyChange() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.TrgRemovalListener, denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel.MouseModeChoiceListener, denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel.NodeClickedListener
• PROPERTYMOUSEMODE : denoptim.gui.GraphViewerPanel
• PROPERTYNODECLICKED : denoptim.gui.GraphViewerPanel
• propID : denoptim.graph.RelatedAPPair
• protectEditedSystem() : denoptim.gui.GUIGraphHandler, denoptim.gui.GUIVertexInspector
• PROVENANCE : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• pssrotFile : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• pssrotParams_Init : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• pssrotParams_Rest : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• purgeListRotatableBonds() : denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel
• put() : denoptim.ga.Population.XoverSitesAmongCandidates, denoptim.graph.APTreeMap
• putAPsFromTableIntoIAtomContainer() : denoptim.gui.FragmentViewPanel
• putParametersToString() : denoptim.gui.FitnessParametersForm, denoptim.gui.FSEParametersForm, denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm, denoptim.gui.GUIPrepareFitnessRunner.InputForm, denoptim.gui.IParametersForm, denoptim.gui.ParametersForm
• PY4J : denoptim.main.Main.RunType