Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- f -

• factorForSDOnStatsOfUnimodalPop : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• FAILEDBUILDATTEMPTS : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDBUILDATTEMPTS_EVAL : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDBUILDATTEMPTS_FORBIDENDS : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDBUILDATTEMPTS_GRAPHBUILD : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDBUILDATTEMPTS_SETUPRINGS : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDCONVERTBYFRAGATTEMPTS : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDCONVERTBYFRAGATTEMPTS_EVAL : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDCONVERTBYFRAGATTEMPTS_FRAGMENTATION : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDCONVERTBYFRAGATTEMPTS_TMPLEMBEDDING : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDDUPLICATEPREFITNESSDETECTION : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDFITNESSEVALS : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMANUALADDATTEMPTS : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMANUALADDATTEMPTS_EVAL : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_EVAL : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_FORBENDS : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_BADMUTTYPE : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NOADDFUSEDRING : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NOADDFUSEDRING_NOBRIDGE : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NOADDFUSEDRING_NOFREEAP : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NOADDFUSEDRING_NOSITE : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NOADDLINK : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NOADDLINK_EDIT : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NOADDLINK_FIND : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NOADDRING : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NOADDRING_NOFREEAP : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NOADDRING_NORINGCOMB : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NOCHANGEBRANCH : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NOCHANGELINK : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NOCHANGELINK_EDIT : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NOCHANGELINK_FIND : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NODELETE : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NODELETECHAIN : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NODELLINK_EDIT : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NODELLINK_FINDPARENT : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NOEXTEND : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NOMUTSITE : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_PERFORM_NOOWNER : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDMUTATTEMTS_SETUPRINGS : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDXOVERATTEMPTS : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDXOVERATTEMPTS_EVAL : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDXOVERATTEMPTS_FINDPARENTS : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDXOVERATTEMPTS_FORBENDS : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDXOVERATTEMPTS_PERFORM : denoptim.logging.CounterID
• FAILEDXOVERATTEMPTS_SETUPRINGS : denoptim.logging.CounterID
• fakeErrorMsg : denoptim.fitness.descriptors.SocketProvidedDescriptorTest
• fapid : denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunnerParameters
• ff : denoptim.gui.MainToolBar.RecentFileItem
• ffAtomType : denoptim.integration.tinker.TinkerAtom
• fieldListener : denoptim.gui.ParametersForm
• file : denoptim.files.FileAndFormat, denoptim.gui.MainToolBar.RecentFileItem
• FileAndFormat() : denoptim.files.FileAndFormat
• fileChooser : denoptim.gui.GUIFileOpener, denoptim.gui.GUIFileSaver
• fileFieldSize : denoptim.gui.ParametersForm
• fileIterator : denoptim.io.IteratingAtomContainerReader
• fileLabelSize : denoptim.gui.GUIAPClassDefinitionDialog, denoptim.gui.GUIPreferencesDialog, denoptim.gui.ParametersForm
• fillDataTable() : denoptim.gui.MoleculeViewPanel
• fillTopologicalMatrix() : denoptim.graph.rings.RingSizeManager
• filterFragment() : denoptim.fragmenter.FragmenterTools
• filterStrucutresBySMARTS() : denoptim.fragmenter.FragmenterTools
• findAllCDKDescriptors() : denoptim.fitness.DescriptorUtils
• findAllDENOPTIMDescriptors() : denoptim.fitness.DescriptorUtils
• findAllDescriptorImplementations() : denoptim.fitness.DescriptorUtils
• findAllMappings() : denoptim.fragspace.APMapFinder
• findAtomPath() : denoptim.graph.rings.PathSubGraph
• findAttractors() : denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel, denoptim.utils.RingClosingUtils
• findDescriptorImplementations() : denoptim.fitness.DescriptorUtils
• findMappingCompatibileAPs() : denoptim.fragspace.APMapFinder
• findPath() : denoptim.graph.rings.PathSubGraph
• findVertices() : denoptim.graph.DGraph
• findVerticesIds() : denoptim.graph.DGraph
• fingerprinter : denoptim.fitness.descriptors.TanimotoMolSimilarity, denoptim.fitness.descriptors.TanimotoMolSimilarityBySubstructure
• fingerprinterName : denoptim.fitness.descriptors.TanimotoMolSimilarity
• finished : denoptim.fragspace.FragsCombinationIterator
• fireMouseModePropertyChange() : denoptim.gui.GraphViewerPanel
• firstAfterRestart : denoptim.combinatorial.CombinatorialExplorerByLayer
• FIT : denoptim.main.Main.RunType
• FIT_PARAMS : denoptim.programs.RunTimeParameters.ParametersType
• FITFILENAMEEXTIN : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• FITFILENAMEEXTOUT : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• FITFILENAMEPREFIX : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• fitFormUID : denoptim.gui.FitnessParametersForm
• fitness : denoptim.graph.Candidate, denoptim.graph.CandidateLW
• FITNESSEVALS : denoptim.logging.CounterID
• FitnessEvaluationTask() : denoptim.programs.fitnessevaluator.FitnessEvaluationTask
• fitnessExpression : denoptim.fitness.FitnessParameters
• FitnessExpressionParser() : denoptim.fitness.FitnessExpressionParser
• fitnessIsRequired : denoptim.task.FitnessTask
• FitnessParameters() : denoptim.fitness.FitnessParameters
• FitnessParametersForm() : denoptim.gui.FitnessParametersForm
• FitnessProvider() : denoptim.fitness.FitnessProvider
• FitnessRunner() : denoptim.programs.fitnessevaluator.FitnessRunner
• fitnessSettings : denoptim.task.FitnessTask
• FITNESSTAG : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• FitnessTask() : denoptim.task.FitnessTask
• fitProvInputFile : denoptim.task.FitnessTask
• fitProvMol : denoptim.task.FitnessTask
• fitProvOutFile : denoptim.task.FitnessTask
• fitProvPNGFile : denoptim.task.FitnessTask
• fitProvUIDFile : denoptim.task.FitnessTask
• FIXED : denoptim.graph.Template.ContractLevel
• FIXED_STRUCT : denoptim.graph.Template.ContractLevel
• fixEdgeDirections() : denoptim.graph.DGraph
• fixLongeLinesInXYZ() : denoptim.integration.tinker.ConformationalSearchPSSROT
• flags : denoptim.utils.AtomOrganizer
• flipEdge() : denoptim.graph.Edge
• FLOATCOMPARISONTOLERANCE : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• fm : denoptim.fitness.FitnessExpressionParser.CustomVariableDefiningContext, denoptim.fitness.FitnessExpressionParser.VariableDefiningContext
• fmol : denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel
• forbiddenEndList : denoptim.fragspace.FragmentSpace, denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• forceFieldFile : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• format : denoptim.files.FileAndFormat, denoptim.logging.HTMLLogFormatter
• formulaCriteriaLessThan : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• formulaCriteriaMoreThan : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• formulae : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• formulaeFile : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• FORMULASTR : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• foundAlternativeLink() : denoptim.fragspace.GraphLinkFinder
• foundCLIOnlyContent : denoptim.gui.ParametersForm
• foundException() : denoptim.task.Task
• foundForbiddenEnd() : denoptim.ga.EAUtils
• foundMapping() : denoptim.fragspace.APMapFinder
• foundNewLink : denoptim.fragspace.GraphLinkFinder
• FPRunner() : denoptim.programs.fitnessevaluator.FPRunner
• FR_PARAM : denoptim.files.FileFormat.DataKind, denoptim.files.FileFormat
• FR_PARAMS : denoptim.programs.RunTimeParameters.ParametersType
• frag : denoptim.fragmenter.ClusterableFragment
• FRAG : denoptim.gui.GraphViewerPanel.JVertexType
• fragA : denoptim.graph.FragmentIsomorphismInspector
• fragAlgorithm : denoptim.programs.fragmenter.Fragmenter
• fragB : denoptim.graph.FragmentIsomorphismInspector
• FragForClosabChains() : denoptim.ga.GraphOperations.FragForClosabChains
• fragIds : denoptim.ga.GraphOperations.FragForClosabChains
• FragIsomorphEdge() : denoptim.graph.FragIsomorphEdge
• FragIsomorphNode() : denoptim.graph.FragIsomorphNode
• Fragment() : denoptim.graph.Fragment
• FRAGMENT : denoptim.graph.Vertex.BBType
• fragment : denoptim.gui.FragmentViewPanel
• FragmentAlignement() : denoptim.fragmenter.FragmentAlignement
• fragmentation() : denoptim.fragmenter.FragmenterTools
• FragmentClusterer() : denoptim.fragmenter.FragmentClusterer
• Fragmenter() : denoptim.programs.fragmenter.Fragmenter
• FragmenterParameters() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• FragmenterTask() : denoptim.fragmenter.FragmenterTask
• FragmentIsomorphismInspector() : denoptim.graph.FragmentIsomorphismInspector
• fragmentLib : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• fragmentLibFile : denoptim.fragspace.FragmentSpaceParameters
• fragmentPool : denoptim.ga.EAUtils
• FragmentSpace() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• fragmentSpace : denoptim.fragspace.GraphLinkFinder
• FragmentSpaceParameters() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceParameters
• FragmentViewPanel() : denoptim.gui.FragmentViewPanel
• fragPoolPerNumAP : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• fragRejectionSMARTS : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• fragRetentionSMARTS : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• fragsApsPerApClass : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• FragsCombination() : denoptim.fragspace.FragsCombination
• FragsCombinationIterator() : denoptim.fragspace.FragsCombinationIterator
• fragSpace : denoptim.combinatorial.GraphBuildingTask, denoptim.fragspace.APMapFinder, denoptim.ga.OffspringEvaluationTask, denoptim.graph.rings.CyclicGraphHandler, denoptim.graph.rings.RandomCombOfRingsIterator, denoptim.graph.rings.RingSizeManager, denoptim.gui.GUIGraphHandler, denoptim.programs.fitnessevaluator.FitnessEvaluationTask, denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunner
• FragSpaceExplorer() : denoptim.programs.combinatorial.FragSpaceExplorer
• fragsToAdd : denoptim.combinatorial.GraphBuildingTask
• fragViewer : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel, denoptim.gui.VertexViewPanel
• fragViewerCardHolder : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• FRAGVIEWERCARDNAME : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• fragViewerEmptyCard : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• fragViewerHeader : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• fragViewerNoFSCard : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• fragViewerNotDuableCard : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• fragViewerPanel : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• fragViewerTmplViewerCard : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• frame : denoptim.gui.GUI
• framePane : denoptim.gui.GUI
• FREE : denoptim.graph.Template.ContractLevel
• freezeTemplate() : denoptim.graph.Template
• FRG : denoptim.main.Main.RunType
• FRG_PARAM : denoptim.files.FileFormat.DataKind, denoptim.files.FileFormat
• FRG_PARAMS : denoptim.programs.RunTimeParameters.ParametersType
• FRG_RUN : denoptim.files.FileFormat.DataKind, denoptim.files.FileFormat
• frgParams : denoptim.gui.CuttingRulesSelectionDialog
• fromAtomContainerNoGraph() : denoptim.graph.Candidate
• fromJson() : denoptim.graph.DGraph, denoptim.graph.EmptyVertex, denoptim.graph.Fragment, denoptim.graph.Template, denoptim.graph.Vertex
• fromString() : denoptim.files.FileFormat
• FRParameters() : denoptim.programs.fitnessevaluator.FRParameters
• frSettings : denoptim.programs.fitnessevaluator.FitnessEvaluationTask
• FS : denoptim.fitness.DescriptorUtils, denoptim.io.DenoptimIO
• FS_PARAMS : denoptim.programs.RunTimeParameters.ParametersType
• FSE : denoptim.main.Main.RunType
• FSE_PARAM : denoptim.files.FileFormat.DataKind, denoptim.files.FileFormat
• FSE_RUN : denoptim.files.FileFormat.DataKind, denoptim.files.FileFormat
• FSEIDXNAMEROOT : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• fseInspectorTabUID : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• FSEP : denoptim.constants.DENOPTIMConstants, denoptim.ga.EAUtils, denoptim.integration.tinker.ConformationalSearchPSSROT
• fsep : denoptim.molecularmodeling.RingClosureTool
• FSEParametersForm() : denoptim.gui.FSEParametersForm
• FSParametersForm() : denoptim.gui.FSParametersForm
• FSParamsDialog() : denoptim.gui.FSParamsDialog
• fsParsForm : denoptim.gui.FSParamsDialog
• fsSettings : denoptim.combinatorial.CombinatorialExplorerByLayer
• ftype : denoptim.graph.rings.ChainLink
• futures : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm, denoptim.programs.fitnessevaluator.FPRunner, denoptim.task.ParallelAsynchronousTaskExecutor, denoptim.task.TasksBatchManager
• futureWatchers : denoptim.programs.denovo.GARunner