Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- c -

• c : denoptim.ga.EAUtilsTest, denoptim.graph.DGraphTest
• CACTVS : denoptim.gui.GUIPreferences.SMITo3DEngine
• calcDate() : denoptim.logging.HTMLLogFormatter
• calculate() : denoptim.fitness.descriptors.SocketProvidedDescriptor, denoptim.fitness.descriptors.TanimotoMolSimilarity, denoptim.fitness.descriptors.TanimotoMolSimilarityBySubstructure
• calculateAngle() : denoptim.utils.MathUtils
• calculateCentroid() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• calculateCompatibilityOfAllRCAPairs() : denoptim.graph.rings.RingSizeManager
• calculateDescriptors() : denoptim.graph.rings.RingClosure
• call() : denoptim.combinatorial.GraphBuildingTask, denoptim.fragmenter.ConformerExtractorTask, denoptim.fragmenter.FragmenterTask, denoptim.ga.OffspringEvaluationTask, denoptim.programs.fitnessevaluator.FitnessEvaluationTask, denoptim.task.ProgramTask
• canBeScaffold : denoptim.gui.GUIEmptyVertexMaker
• canBeUsedForRingFusion() : denoptim.ga.EAUtils
• canCoexistWith() : denoptim.graph.rings.CyclicGraphHandler.ClosableConf
• candFragsPerAP : denoptim.fragspace.FragsCombinationIterator
• Candidate() : denoptim.graph.Candidate
• candidate : denoptim.graph.DGraph
• CANDIDATE2DEXTENSION : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• CandidateLW() : denoptim.graph.CandidateLW
• CANDIDATESDF : denoptim.files.FileFormat
• candidatesToAdd : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• candidatesToRemove : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• candsPerGeneration : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• candsWithFitnessMap : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• canWriteAndReadTo() : denoptim.files.FileUtils
• cap : denoptim.graph.DGraphTest
• CAP : denoptim.graph.Vertex.BBType, denoptim.gui.GraphViewerPanel.JVertexType
• CAPP : denoptim.graph.DGraphTest
• cappingLib : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• cappingLibFile : denoptim.fragspace.FragmentSpaceParameters
• cappingMap : denoptim.fragspace.FragmentSpace, denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• CDK : denoptim.gui.GUIPreferences.SMITo3DEngine
• cdkBuilder : denoptim.fitness.DescriptorForFitness, denoptim.fitness.descriptors.TanimotoMolSimilarity
• CEBL_PARAMS : denoptim.programs.RunTimeParameters.ParametersType
• CEBLParameters() : denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters
• ceblSettings : denoptim.combinatorial.GraphBuildingTask
• centerGraphLayout() : denoptim.gui.GraphViewerPanel
• centralPanel : denoptim.gui.CuttingRulesSelectionDialog, denoptim.gui.GUIAPClassDefinitionDialog, denoptim.gui.GUIEmptyVertexMaker, denoptim.gui.GUIGraphHandler.ConfigTemplateDialog, denoptim.gui.GUIInspectFSERun, denoptim.gui.GUIInspectGARun, denoptim.gui.GUIPreferencesDialog, denoptim.gui.VertexViewPanel
• centroid : denoptim.fragmenter.DynamicCentroidCluster
• centroidOf() : denoptim.utils.MathUtils
• chainID : denoptim.graph.rings.PathSubGraph, denoptim.graph.rings.RingClosingConformations
• ChainLink() : denoptim.graph.rings.ChainLink
• CHANGEBRANCH : denoptim.utils.MutationType
• changeBy() : denoptim.logging.Monitor
• changedUpdate() : denoptim.gui.ParametersForm.FieldListener
• CHANGELINK : denoptim.utils.MutationType
• changeSignOfVertexID() : denoptim.graph.DGraph
• CHANGEVERTEX : denoptim.utils.GraphEdit.EditTask
• chartByLevel : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• chartBySorted : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• chartHolderPanel : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• chartPanelByLevel : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• chartPanelSorted : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• chartPointSize : denoptim.gui.GUIPreferences
• checkAndAddXoverSites() : denoptim.ga.GraphOperations
• checkAvailNT() : denoptim.graph.AttachmentPointTest
• checkChelatesGraph() : denoptim.graph.rings.CyclicGraphHandler
• checkClosabilityOfInterdependentPaths() : denoptim.graph.rings.CyclicGraphHandler
• checkConsistency() : denoptim.graph.DGraph
• checkedFlags : denoptim.gui.ParametersForm
• checkElementalAnalysisAgainstFormula() : denoptim.fragmenter.FragmenterTools
• checkExists() : denoptim.files.FileUtils
• checkForException() : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• checkFormula : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• checkGetEdgeUserThroughput() : denoptim.graph.AttachmentPointTest
• checkIdentityOfEmbeddedAP() : denoptim.graph.AttachmentPointTest
• checkInput() : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• checkInterdependentChains() : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• checkInterdepPaths : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• checkOtherParameters() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• checkParameters() : denoptim.fitness.FitnessParameters, denoptim.fragspace.FragmentSpaceParameters, denoptim.graph.rings.RingClosureParameters, denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters, denoptim.programs.denovo.GAParameters, denoptim.programs.fitnessevaluator.FRParameters, denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters, denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunnerParameters, denoptim.programs.grapheditor.GraphEdParameters, denoptim.programs.graphlisthandler.GraphListsHandlerParameters, denoptim.programs.isomorphism.IsomorphismParameters, denoptim.programs.mol2graph.Mol2GraphParameters, denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters, denoptim.programs.RunTimeParameters
• CheckPoint() : denoptim.combinatorial.CheckPoint
• checkPreFitnessUID : denoptim.fitness.FitnessParameters
• checkPreFitnessUIDFromInput : denoptim.fitness.FitnessParameters
• chemBuilder : denoptim.ga.GraphOperationsTest, denoptim.graph.TemplateTest
• ChemicalObjectModel() : denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel
• chkpt : denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters
• chkptFile : denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters
• chkptRestart : denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters
• chkptStep : denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters
• chooseGenerationMethod() : denoptim.ga.EAUtils
• chooseNumberOfSitesToMutate() : denoptim.ga.EAUtils
• choseAmongPossiblyOverlapping() : denoptim.gui.GUIInspectFSERun, denoptim.gui.GUIInspectGARun
• chosenAPMap : denoptim.fragspace.APMapFinder, denoptim.fragspace.GraphLinkFinder
• chosenNewLink : denoptim.fragspace.GraphLinkFinder
• chosenOnes : denoptim.gui.CuttingRulesSelectionDialog
• chosenSDFTags : denoptim.gui.GUIPreferences
• choseOrCreateNewAPClass() : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• classifyFragment() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• className : denoptim.fitness.DescriptorForFitness
• cleanup() : denoptim.combinatorial.CombinatorialExplorerByLayer, denoptim.graph.Candidate, denoptim.graph.DGraph, denoptim.graph.EmptyVertex, denoptim.graph.Vertex, denoptim.gui.GraphViewerPanel, denoptim.programs.fitnessevaluator.FPRunner, denoptim.task.ParallelAsynchronousTaskExecutor
• cleanupAsync() : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• cleanupCompleted() : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm, denoptim.programs.fitnessevaluator.FPRunner, denoptim.task.ParallelAsynchronousTaskExecutor
• clear() : denoptim.ga.Population
• clearAll() : denoptim.fragspace.FragmentSpace, denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.MoleculeViewPanel, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel
• clearAPTable() : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel
• clearCurrentSystem() : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel, denoptim.gui.GUIGraphHandler, denoptim.gui.GUIVertexInspector, denoptim.gui.GUIVertexSelector, denoptim.gui.VertexViewPanel
• cleardataTable() : denoptim.gui.MoleculeViewPanel
• clearIAtomContainer() : denoptim.graph.Template
• clearMatches() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatibilityRuleLine
• clearMolecularViewer() : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel, denoptim.gui.MoleculeViewPanel, denoptim.gui.VertexViewPanel
• clearPanel() : denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel
• clearSearchMatches() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• clearUnformattedTxtArea() : denoptim.gui.ParametersForm
• clearVertexViewer() : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• CLG : denoptim.main.Main.RunType
• CLG_PARAM : denoptim.files.FileFormat, denoptim.files.FileFormat.DataKind
• CLIOptions() : denoptim.main.CLIOptions
• clone() : denoptim.fragmenter.ClusterableFragment, denoptim.ga.Population, denoptim.ga.Population.XoverSitesAmongCandidates, denoptim.ga.XoverSite, denoptim.graph.APClass, denoptim.graph.APMapping, denoptim.graph.AttachmentPoint, denoptim.graph.Candidate, denoptim.graph.DGraph, denoptim.graph.EmptyVertex, denoptim.graph.Fragment, denoptim.graph.rings.ChainLink, denoptim.graph.rings.ClosableChain, denoptim.graph.Template, denoptim.graph.Vertex, denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule, denoptim.logging.StaticLogger
• cloneAllButImpl() : denoptim.fitness.DescriptorForFitness
• ClosableChain() : denoptim.graph.rings.ClosableChain
• closableChains : denoptim.graph.DGraph
• ClosableConf() : denoptim.graph.rings.CyclicGraphHandler.ClosableConf
• close() : denoptim.gui.GUIModalDialog, denoptim.io.IteratingAtomContainerReader
• closeEnough() : denoptim.fitness.descriptors.SocketProvidedDescriptorTest, denoptim.fitness.descriptors.TanimotoMolSimilarityTest, denoptim.fitness.FitnessProviderTest
• closeIfAllSaved() : denoptim.gui.GUI
• closeRings : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters, denoptim.molecularmodeling.RingClosureTool
• closeServer() : denoptim.fitness.descriptors.SocketProvidedDescriptorTest
• closeWatcher() : denoptim.ga.ExternalCmdsListener
• cluster() : denoptim.fragmenter.FragmentClusterer
• ClusterableFragment() : denoptim.fragmenter.ClusterableFragment
• clusters : denoptim.fragmenter.FragmentClusterer
• cmbAPC2BO : denoptim.gui.GUIAPClassDefinitionDialog
• cmbBBType : denoptim.gui.GUIEmptyVertexMaker
• cmbFieldChange : denoptim.gui.ParametersForm
• cmbPar11 : denoptim.gui.GAParametersForm
• cmbPar15 : denoptim.gui.GAParametersForm
• cmbPar19 : denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm
• cmbPar2 : denoptim.gui.GAParametersForm
• cmbPar25 : denoptim.gui.GAParametersForm
• cmbParCrowd1 : denoptim.gui.GAParametersForm
• cmbParMolSz1 : denoptim.gui.GAParametersForm
• cmbPlotType : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• cmbScaffoldingPolicy : denoptim.gui.MolToGraphParametersDialog
• cmbSMILESTo3D : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• cmbTemplateContract : denoptim.gui.MolToGraphParametersDialog
• cmd : denoptim.gui.GUI, denoptim.main.Behavior
• cmdGridConstraints : denoptim.gui.ButtonsBar
• cmdListener : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• cmdStr : denoptim.task.ProcessHandler
• collectClusterableFragmentsFromFile() : denoptim.fragmenter.ConformerExtractorTask
• collectFragAndAPsCompatibleWithSelectedAPs() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• colors : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• combinatorialAlgorithm : denoptim.programs.combinatorial.FragSpaceExplorer
• CombinatorialExplorerByLayer() : denoptim.combinatorial.CombinatorialExplorerByLayer
• combineCompatPathSubGraphs() : denoptim.graph.rings.CyclicGraphHandler
• combineRelatedAPPair() : denoptim.ga.EAUtils
• combineRelatedAPPairUtil() : denoptim.ga.EAUtils
• comment : denoptim.graph.Candidate
• COMP_MAP : denoptim.files.FileFormat, denoptim.files.FileFormat.DataKind
• compare() : denoptim.graph.AttachmentPointComparator, denoptim.graph.simplified.Node, denoptim.graph.simplified.NodeConnection, denoptim.graph.simplified.UndirectedEdge, denoptim.gui.GUIInspectGARun.PlottedCandidatesComparator, denoptim.molecularmodeling.RingClosureTool.RingClosedMolComparator, denoptim.utils.ConnectedLigandComparator
• compareAsUndirected() : denoptim.graph.Edge
• compareFormulaAndElementalAnalysis() : denoptim.utils.FormulaUtils
• compareGraphNodes() : denoptim.graph.DGraph
• comparePropertiesTo() : denoptim.graph.AttachmentPoint
• compareSitesLists() : denoptim.ga.PopulationTest
• compareSizeOfSites() : denoptim.ga.PopulationTest
• compareTo() : denoptim.graph.APClass, denoptim.graph.AttachmentPoint, denoptim.graph.Candidate
• compatChains : denoptim.ga.GraphOperations.FragForClosabChains
• CompatibilityMatrixForm() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• compatibilityOfPairs : denoptim.graph.rings.RingSizeManager
• CompatibilityRuleLine() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatibilityRuleLine
• compatMap : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• CompatRulesHeader() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatRulesHeader
• compatVrtxs : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• completed : denoptim.task.Task
• compMatrixFile : denoptim.fragspace.FragmentSpaceParameters
• componerCounter : denoptim.gui.ButtonsBar
• compute() : denoptim.fragmenter.FragmentClusterer.DistanceAsRMSD
• computeCrossProduct() : denoptim.utils.MathUtils
• computeDihedralAngle() : denoptim.utils.MathUtils
• computeDotProduct() : denoptim.utils.MathUtils
• configFilePathName : denoptim.task.ProgramTask
• ConfigTemplateDialog() : denoptim.gui.GUIGraphHandler.ConfigTemplateDialog
• ConformerExtractorTask() : denoptim.fragmenter.ConformerExtractorTask
• ConnectedLigand() : denoptim.utils.ConnectedLigand
• connectedTo() : denoptim.graph.Vertex
• connections : denoptim.utils.ConnectedLigand
• CONSTRUCTION : denoptim.ga.EAUtils.CandidateSource
• CONTACT : denoptim.logging.Version
• contains() : denoptim.ga.Population.XoverSitesAmongCandidates, denoptim.graph.Ring, denoptim.utils.SizeControlledSet
• containsAllKeys() : denoptim.graph.APMapping
• containsAllValues() : denoptim.graph.APMapping
• containsAtoms() : denoptim.graph.DGraph, denoptim.graph.EmptyVertex, denoptim.graph.Fragment, denoptim.graph.Template, denoptim.graph.Vertex
• containsChain() : denoptim.graph.rings.RingClosuresArchive
• containsID() : denoptim.graph.Ring
• containsMolecule() : denoptim.ga.EAUtils
• containsOrEmbedsVertex() : denoptim.graph.DGraph
• containsParameters() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• containsVertex() : denoptim.graph.DGraph
• containsVertexID() : denoptim.graph.DGraph
• contractCmb : denoptim.gui.GUIGraphHandler.ConfigTemplateDialog.TemplateConfiguration
• CONTRACTKEY : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• contractLevel : denoptim.graph.Template
• contractTolTip : denoptim.gui.GUIGraphHandler.ConfigTemplateDialog.TemplateConfiguration
• CONTRIBUTORS : denoptim.logging.Version
• convertAtomToAP() : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• CONVERTBYFRAGATTEMPTS : denoptim.logging.CounterID
• convertDnGraphToGSGraph() : denoptim.gui.GraphViewerPanel
• convertGraphTo3DAtomContainer() : denoptim.molecularmodeling.ThreeDimTreeBuilder
• convertIACToVertex() : denoptim.graph.Vertex
• convertProbabilityScheme() : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• convertRingsToRCACombinations() : denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel
• convertSimpleToString() : denoptim.utils.FormulaUtilsTest
• convertSymmetricLabelsToSymmetricSets() : denoptim.graph.DGraph
• convertToCoordsVector() : denoptim.fragmenter.ClusterableFragment
• convertToPointArray() : denoptim.fragmenter.ClusterableFragment
• convertToString() : denoptim.utils.FormulaUtilsTest
• copyStringBasedProperties() : denoptim.graph.Vertex
• countAtomsOfElement() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• countLinesInFile() : denoptim.files.FileUtils
• countLinesWKeywordInFile() : denoptim.molecularmodeling.MMBuilderUtils
• countPredefinedNeighbours() : denoptim.integration.tinker.TinkerUtils
• countSubTasks() : denoptim.combinatorial.CombinatorialExplorerByLayer
• coupleMutationAndCrossover : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• cpMapHandler : denoptim.gui.GUICompatibilityMatrixTab
• CPMapTabUID : denoptim.gui.GUICompatibilityMatrixTab
• createAndSubmitTasks() : denoptim.fragmenter.ParallelConformerExtractionAlgorithm, denoptim.fragmenter.ParallelFragmentationAlgorithm, denoptim.task.ParallelAsynchronousTaskExecutor
• createCrowdProbChart() : denoptim.gui.GAParametersForm
• createCrowdProbDataset() : denoptim.gui.GAParametersForm
• createCrowdProbGraph() : denoptim.gui.GAParametersForm
• createDirectory() : denoptim.files.FileUtils
• createEmptyVertexAndPlaceItInGraph() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• createFolderForGeneration() : denoptim.ga.EAUtils
• createLvlProbChart() : denoptim.gui.GAParametersForm
• createLvlProbDataset() : denoptim.gui.GAParametersForm
• createLvlProbGraph() : denoptim.gui.GAParametersForm
• createMap() : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• createMirror() : denoptim.ga.XoverSite
• createMolSizeProbDataset() : denoptim.gui.GAParametersForm
• createMolSzProbChart() : denoptim.gui.GAParametersForm
• createMolSzProbGraph() : denoptim.gui.GAParametersForm
• createWorkingDirectory() : denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters, denoptim.programs.denovo.GAParameters, denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• createZipFile() : denoptim.files.FileUtils
• CROSSOVER : denoptim.ga.EAUtils.CandidateSource, denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunnerParameters.Operator
• crossoverWeight : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• crowdingMultiplier : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• crowdingProbabilityScheme : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• crowdingSigmaMiddle : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• crowdingSigmaSteepness : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• crowdProbData : denoptim.gui.GAParametersForm
• ctrlPane : denoptim.gui.GUIVertexInspector, denoptim.gui.GUIVertexSelector
• ctrlPanel : denoptim.gui.GUIInspectFSERun, denoptim.gui.GUIInspectGARun
• ctrlPanelLeft : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• ctrlPanelRight : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• ctrlPanelRow1 : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• ctrlPanelRow1Left : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• ctrlPanelRow1Right : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• ctrlPanelRow2Left : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• currApIdx : denoptim.gui.GUIVertexSelector
• currGrphIdx : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• currVrtxIdx : denoptim.gui.GUIVertexInspector, denoptim.gui.GUIVertexSelector
• customRulesTabModel : denoptim.gui.CuttingRulesSelectionDialog
• customVarDescExpressions : denoptim.fitness.FitnessParameters
• cutId : denoptim.graph.AttachmentPoint
• CUTRULE : denoptim.files.FileFormat
• cutRulesFile : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• CUTRULKEYWORD : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• CuttingRule() : denoptim.programs.fragmenter.CuttingRule
• cuttingRules : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• CuttingRulesSelectionDialog() : denoptim.gui.CuttingRulesSelectionDialog
• CyclicGraphHandler() : denoptim.graph.rings.CyclicGraphHandler