Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- i -

• i : denoptim.graph.Vertex.BBType
• iac : denoptim.graph.Candidate
• iacPathVAVB : denoptim.graph.rings.PathSubGraph
• id : denoptim.graph.AttachmentPoint, denoptim.gui.GraphViewerPanel.JEdge, denoptim.task.ProcessHandler, denoptim.task.Task
• idAPOnIncomingGraph : denoptim.utils.GraphEdit
• identifySymmetryRelatedAPSets() : denoptim.graph.Fragment
• IdFragmentAndAP() : denoptim.fragspace.IdFragmentAndAP
• idNewAP : denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunnerParameters
• idNewVrt : denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunnerParameters
• idStr : denoptim.gui.GraphViewerPanel.JVertex
• idTargetAP : denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunnerParameters
• idx : denoptim.graph.rings.ChainLink
• ignorableFragments : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• ignorableFragmentsFile : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• imgFile : denoptim.graph.Candidate
• implementation : denoptim.fitness.DescriptorForFitness, denoptim.programs.RunTimeParameters.ParametersType
• importAllAPClassesFromCappingGroupLibs() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• importAllAPClassesFromCPMatrix() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• importAllAPClassesFromFragmentLibs() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• importAllCappingGroupsAPClassesFromCPMatrix() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• importCompatibilityMatrixFromFile() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• importCPMapFromFile() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm, denoptim.gui.GUICompatibilityMatrixTab
• importFSERunData() : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• importGARunData() : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• importGraphsFromFile() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• importInitialPopulation() : denoptim.ga.EAUtils
• importParameterFromLine() : denoptim.gui.ParametersForm
• importParametersFromDenoptimParamsFile() : denoptim.gui.FitnessParametersForm, denoptim.gui.FSEParametersForm, denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm, denoptim.gui.GUIPrepare, denoptim.gui.GUIPrepareFitnessRunner.InputForm, denoptim.gui.IParametersForm, denoptim.gui.ParametersForm
• importRCCompatibilityMatrixFromFile() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• importSingleParameter() : denoptim.gui.FitnessParametersForm, denoptim.gui.FSEParametersForm, denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm, denoptim.gui.GUIPrepareFitnessRunner.InputForm, denoptim.gui.IParametersForm, denoptim.gui.ParametersForm
• importStructureFromFile() : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• importStructureFromSMILES() : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• importVertices() : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• importVerticesFromFile() : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• imposeSymmetryOnAPsOfClass() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• INCHIKEYTAG : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• incomingAPMap : denoptim.utils.GraphEdit
• incomingBBId : denoptim.utils.GraphEdit
• incomingBBTyp : denoptim.utils.GraphEdit
• incomingEdgeQuery : denoptim.graph.VertexQuery
• incomingGraph : denoptim.utils.GraphEdit
• incompatChains : denoptim.ga.GraphOperations.FragForClosabChains
• increase() : denoptim.logging.Monitor
• increaseBy() : denoptim.logging.Monitor
• indexOf() : denoptim.graph.DGraph, denoptim.graph.Fragment, denoptim.graph.Ring
• indexOfVertexWithID() : denoptim.graph.DGraph
• inEnabled : denoptim.gui.GUIGraphHandler.GraphSpinnerChangeEvent, denoptim.gui.GUIVertexInspector.VrtxSpinnerChangeEvent, denoptim.gui.GUIVertexSelector.VrtxSpinnerChangeEvent
• inFile : denoptim.programs.mol2graph.Mol2GraphParameters
• inGraphs : denoptim.programs.grapheditor.GraphEdParameters
• inGraphsA : denoptim.programs.graphlisthandler.GraphListsHandlerParameters
• inGraphsB : denoptim.programs.graphlisthandler.GraphListsHandlerParameters
• inGraphsFile : denoptim.programs.grapheditor.GraphEdParameters
• inGraphsFileA : denoptim.programs.graphlisthandler.GraphListsHandlerParameters
• inGraphsFileB : denoptim.programs.graphlisthandler.GraphListsHandlerParameters
• inheritFeatures() : denoptim.gui.GraphViewerPanel
• initialiseFormatter() : denoptim.ga.EAUtils
• initialiseRNG() : denoptim.utils.Randomizer
• initialiseSeed() : denoptim.utils.Randomizer
• initialize() : denoptim.graph.rings.RingSizeManager, denoptim.gui.DNPSpringLayout< V, E >, denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel, denoptim.gui.GraphViewerPanel, denoptim.gui.GUICompatibilityMatrixTab, denoptim.gui.GUIGraphHandler, denoptim.gui.GUIInspectFSERun, denoptim.gui.GUIInspectGARun, denoptim.gui.GUIModalDialog, denoptim.gui.GUIPrepare, denoptim.gui.GUIPrepareFitnessRunner, denoptim.gui.GUIPrepareFSERun, denoptim.gui.GUIPrepareGARun, denoptim.gui.GUITextReader, denoptim.gui.GUIVertexInspector, denoptim.gui.HomePanel, denoptim.gui.MainToolBar, denoptim.gui.MoleculeViewPanel, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel, denoptim.gui.VertexViewPanel
• initializeCurrentGraph() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• initializePopulation() : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• initialTransform : denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• initMolsToFragmentFile : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• initPoplnFile : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• inMols : denoptim.programs.grapheditor.GraphEdParameters, denoptim.programs.mol2graph.Mol2GraphParameters
• innerGraph : denoptim.graph.Template
• innerToOuterAPs : denoptim.graph.Template
• inpFile : denoptim.programs.fitnessevaluator.FRParameters
• inpFileF : denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunnerParameters
• inpFileGraphA : denoptim.programs.isomorphism.IsomorphismParameters
• inpFileGraphB : denoptim.programs.isomorphism.IsomorphismParameters
• inpFileM : denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunnerParameters
• inpSDFFile : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• inputFile : denoptim.fragmenter.FragmenterTask
• InputForm() : denoptim.gui.GUIPrepareFitnessRunner.InputForm
• inputIsOK : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• insertSingleVertex() : denoptim.graph.DGraph
• insertUpdate() : denoptim.gui.ParametersForm.FieldListener
• insertVertex() : denoptim.graph.DGraph, denoptim.graph.Ring
• instance : denoptim.json.DENOPTIMgson, denoptim.main.CLIOptions, denoptim.task.StaticTaskManager
• instantiateParametersFile() : denoptim.gui.GUIPrepare
• intendedStop : denoptim.ga.ExternalCmdsListener
• interfaceDir : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• interpreteMsg() : denoptim.integration.tinker.TinkerException
• interpreterExternalExe : denoptim.fitness.FitnessParameters
• interpretKeyword() : denoptim.fitness.FitnessParameters, denoptim.fragspace.FragmentSpaceParameters, denoptim.graph.rings.RingClosureParameters, denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters, denoptim.programs.denovo.GAParameters, denoptim.programs.fitnessevaluator.FRParameters, denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters, denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunnerParameters, denoptim.programs.grapheditor.GraphEdParameters, denoptim.programs.graphlisthandler.GraphListsHandlerParameters, denoptim.programs.isomorphism.IsomorphismParameters, denoptim.programs.mol2graph.Mol2GraphParameters, denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters, denoptim.programs.RunTimeParameters
• invariant : denoptim.graph.simplified.Node, denoptim.graph.simplified.UndirectedEdge
• involvesMetal() : denoptim.programs.fragmenter.CuttingRule
• involvesVertex() : denoptim.graph.rings.ClosableChain
• involvesVertexAndAP() : denoptim.graph.rings.ClosableChain
• INVPI : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• is : denoptim.task.StreamGobbler
• is3D() : denoptim.graph.Fragment
• isActive : denoptim.gui.FragmentViewPanel.PausableTableModelListener, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel.PausableTableModelListener, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.PausableTableModelListener
• isAromaticBridge() : denoptim.graph.Vertex
• isAsync : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• isAtm : denoptim.graph.FragIsomorphNode
• isAttractor() : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• isAvailable() : denoptim.graph.AttachmentPoint
• isAvailableThroughout() : denoptim.graph.AttachmentPoint
• isBond : denoptim.graph.FragIsomorphEdge
• isClassEnabled() : denoptim.graph.AttachmentPoint
• isCLIEnabled : denoptim.main.Main.RunType
• isClosable() : denoptim.graph.rings.RingClosure
• isCloseable() : denoptim.graph.rings.PathClosabilityTools
• isCompatible() : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• isCompleted() : denoptim.task.Task
• isConnected() : denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule
• isConnectedToAromaticBridge() : denoptim.graph.Vertex
• isCPMapCompatibleWith() : denoptim.graph.APClass
• isCrossoverPossible() : denoptim.ga.GraphOperations
• isDefined() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• isDu : denoptim.utils.ConnectedLigand
• isDummy() : denoptim.utils.ConnectedLigand, denoptim.utils.MoleculeUtils
• isElement() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• isFolder : denoptim.files.FileFormat
• isHAPTO() : denoptim.programs.fragmenter.CuttingRule
• isIsomorphicTo() : denoptim.graph.DGraph, denoptim.graph.Fragment
• isIsostructuralTo() : denoptim.graph.DGraph
• isLineInTxtFile() : denoptim.files.FileUtils
• isMaster : denoptim.programs.RunTimeParameters
• isNanFitnessKillsExperiment() : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• ISO_PARAMS : denoptim.programs.RunTimeParameters.ParametersType
• isoFamMembersFile : denoptim.fragmenter.ConformerExtractorTask
• ISOMORPHICFAMILYID : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• isomorphicFamilyId : denoptim.fragmenter.ConformerExtractorTask
• isomorphicSampleSize : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• Isomorphism() : denoptim.programs.isomorphism.Isomorphism
• isomorphismExists() : denoptim.graph.FragmentIsomorphismInspector
• IsomorphismParameters() : denoptim.programs.isomorphism.IsomorphismParameters
• isomorphsCount : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• isRCV : denoptim.graph.Vertex
• isReversible() : denoptim.graph.DGraph
• isSame() : denoptim.utils.ObjectPair
• isSaveClustersOfConformerToFile() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• isSelected : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatibilityRuleLine
• isSortOrderDecreasing() : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• isSrcInUser() : denoptim.graph.AttachmentPoint
• isSrcInUserThroughout() : denoptim.graph.AttachmentPoint
• isStandaloneFragmentClustering : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• isSymm : denoptim.programs.fragmenter.MatchedBond
• isSymmetric() : denoptim.programs.fragmenter.CuttingRule
• isTorsionUsed() : denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule
• isUseCentroidsAsRepresentativeConformer() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• isUsed() : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• isValid : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• isValidAPClassString() : denoptim.graph.APClass
• isValidAPRuleString() : denoptim.graph.APClass
• isValidAPSubCLassString() : denoptim.graph.APClass
• isValidInnerGraph() : denoptim.graph.Template
• isVertexIDInRing() : denoptim.graph.DGraph
• isVertexInRing() : denoptim.graph.DGraph
• isWithinPercentile() : denoptim.ga.Population
• isWorkingIn3D() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• isXMLBased() : denoptim.io.SMILESListFormat
• item : denoptim.gui.MoleculeViewPanel
• itemsWithFitness : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• IteratingAtomContainerReader() : denoptim.io.IteratingAtomContainerReader
• iteration : denoptim.gui.DNPSpringLayout< V, E >
• itn : denoptim.molecularmodeling.RingClosureTool