Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- u -

• uid : denoptim.graph.Candidate, denoptim.graph.CandidateLW
• uidFile : denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters
• uidFileIn : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• uidFileOut : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• uidMemoryOnDisk : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• UNDEFINED : denoptim.graph.Edge.BondType, denoptim.graph.Vertex.BBType
• UndetectedFileFormatException() : denoptim.files.UndetectedFileFormatException
• UndirectedEdge() : denoptim.graph.simplified.UndirectedEdge
• unionOfIntersectingSets() : denoptim.utils.GeneralUtils
• uniqInstance : denoptim.logging.StaticLogger
• uniqueAPClasses : denoptim.graph.APClass
• uniqueAPClassesLock : denoptim.graph.APClass
• uniquefyingPropertyKeys : denoptim.graph.Vertex
• UNIQUEIDTAG : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• unqGraphId : denoptim.combinatorial.CheckPoint
• unqIsomorphicFamilyId : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• unqMolId : denoptim.combinatorial.CheckPoint
• unqVrtId : denoptim.combinatorial.CheckPoint
• UNREADABLEFILEPOSTFIX : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• UNRECOGNIZED : denoptim.files.FileFormat
• UNRESTRICTED : denoptim.gui.GAParametersForm.ProbabilityFuncitonShape
• unsavedChanges : denoptim.gui.GUICompatibilityMatrixTab, denoptim.gui.GUIGraphHandler, denoptim.gui.GUIVertexInspector, denoptim.gui.ParametersForm
• UNSETUNFORMATTEDINPUTTXT : denoptim.gui.ParametersForm
• UNSETUNFORMATTEDINPUTTXTCOLOR : denoptim.gui.ParametersForm
• updateAPClassCompatibilitiesList() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• updateAPs() : denoptim.graph.Fragment
• updateAPsInJmolViewer() : denoptim.gui.FragmentViewPanel
• updateAPsMapAndTable() : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel
• updateBBTypeBasedOnAPCount() : denoptim.gui.GUIEmptyVertexMaker
• updateCappingRulesTable() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• updateCentroid : denoptim.fragmenter.DynamicCentroidCluster
• updateCrowdProbDataset() : denoptim.gui.GAParametersForm
• updateForbiddenEndsTable() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• updateGraphListSpinner() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• updateInnerApID() : denoptim.graph.Template
• updateInnerToOuter() : denoptim.graph.Template
• updateMolevularViewer() : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• updatemolSizeProbDataset() : denoptim.gui.GAParametersForm
• updateMolViewer : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• updateMutTypeToFixedSTructure() : denoptim.graph.Template
• updateOpenRecentMenu() : denoptim.gui.MainToolBar
• updateSubsProbDataset() : denoptim.gui.GAParametersForm
• updateSymmetryRelations() : denoptim.graph.Fragment
• UPDATETOVIEW : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• updateVrtxListSpinner() : denoptim.gui.GUIVertexInspector, denoptim.gui.GUIVertexSelector
• updateXYZFromINT() : denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel
• useAPclassBasedApproach() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• useCentroidsAsRepresentativeConformer : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• used : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• useExternalFitness : denoptim.fitness.FitnessParameters
• useGivenRoots : denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters
• useLevelBasedProb : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• useMolSizeBasedProb : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• user : denoptim.graph.AttachmentPoint
• usesProperTorsion() : denoptim.integration.tinker.TinkerAtom
• usingDisk : denoptim.utils.SizeControlledSet
• usingIteratingReader : denoptim.io.IteratingAtomContainerReader