- d -

• debug() : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• decrease() : denoptim.logging.Monitor
• decreaseBy() : denoptim.logging.Monitor
• deepCopy() : denoptim.graph.rings.RingClosure, denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule
• deepcopy() : denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel
• define() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• defineProgramBehavior() : denoptim.main.Main
• defineRotatableBonds() : denoptim.utils.RotationalSpaceUtils
• deleteAtomsFlag() : denoptim.utils.AtomOrganizer
• deleteChain() : denoptim.ga.GraphOperations
• deleteFile() : denoptim.files.FileUtils
• deleteFilesContaining() : denoptim.files.FileUtils
• deleteFragment() : denoptim.ga.GraphOperations
• deleteLink() : denoptim.ga.GraphOperations
• DENOPTIMException() : denoptim.exception.DENOPTIMException
• DENOPTIMgson() : denoptim.json.DENOPTIMgson
• deprotectEditedSystem() : denoptim.gui.GUIGraphHandler, denoptim.gui.GUIVertexInspector
• deprotectEdits() : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel, denoptim.gui.VertexViewPanel
• DescriptorForFitness() : denoptim.fitness.DescriptorForFitness
• DescriptorTreeNode() : denoptim.gui.FitnessParametersForm.DescriptorTreeNode
• deserialize() : denoptim.graph.APClass.APClassDeserializer, denoptim.graph.DGraph.DENOPTIMGraphDeserializer, denoptim.graph.Vertex.DENOPTIMVertexDeserializer, denoptim.json.IAtomContainerDeserializer
• deserializeCheckpoint() : denoptim.combinatorial.CEBLUtils
• detectFileFormat() : denoptim.files.FileUtils
• detectKindFile() : denoptim.files.FileUtils
• detectKindOfJSONFile() : denoptim.files.FileUtils
• detectKindOfParameterFile() : denoptim.files.FileUtils
• detectKindOfSDFFile() : denoptim.files.FileUtils
• detectKindOfTXTFile() : denoptim.files.FileUtils
• detectSymVertexSets() : denoptim.graph.DGraph
• dfsEncodePaths() : denoptim.graph.DGraph
• DGraph() : denoptim.graph.DGraph
• dialogToDefineCuttingRules() : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• directedPathExists() : denoptim.graph.DGraph
• displayContent() : denoptim.gui.GUITextReader
• dispose() : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel, denoptim.gui.GraphViewerPanel, denoptim.gui.GUIGraphHandler, denoptim.gui.GUIVertexInspector, denoptim.gui.JmolPanel, denoptim.gui.MoleculeViewPanel, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexViewPanel
• distance() : denoptim.utils.MathUtils
• DNPSpringLayout() : denoptim.gui.DNPSpringLayout< V, E >
• doAddDuOnLinearity() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• doCheckFormula() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• doExhaustiveConfSrch() : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• doExtactRepresentativeConformer() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• doFiltering() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• doFragmentation() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• doManageIsomorphicFamilies() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• doPostFlightOperations() : denoptim.fragmenter.ParallelConformerExtractionAlgorithm, denoptim.fragmenter.ParallelFragmentationAlgorithm, denoptim.task.ParallelAsynchronousTaskExecutor
• doPreFilter() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• doPreFlightOperations() : denoptim.fragmenter.ParallelConformerExtractionAlgorithm, denoptim.fragmenter.ParallelFragmentationAlgorithm, denoptim.task.ParallelAsynchronousTaskExecutor
• doRejectWeirdIsotopes() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• DummyAtomHandler() : denoptim.utils.DummyAtomHandler
• dumpMonitor() : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• DynamicCentroidCluster() : denoptim.fragmenter.DynamicCentroidCluster