Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- d -

• d : denoptim.graph.DGraphTest
• data : denoptim.fragmenter.FragmentClusterer, denoptim.ga.Population.XoverSitesAmongCandidates, denoptim.integration.python.Py4JGetawayServer, denoptim.utils.SizeControlledSet
• dataDir : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• dataOnDisk : denoptim.utils.SizeControlledSet
• datasetAllFit : denoptim.gui.GUIInspectFSERun, denoptim.gui.GUIInspectGARun
• datasetPopMax : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• datasetPopMean : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• datasetPopMedian : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• datasetPopMin : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• datasetSelected : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• datasetSelectedLev : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• datasetSelectedOrd : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• datasetSorted : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• dataTable : denoptim.gui.MoleculeViewPanel
• dataTabModel : denoptim.gui.MoleculeViewPanel
• dataTabPopMenu : denoptim.gui.MoleculeViewPanel
• DATE : denoptim.logging.Version
• dbRootDir : denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters
• debug : denoptim.graph.rings.PathSubGraph, denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule, denoptim.integration.tinker.TinkerUtils, denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters, denoptim.utils.Randomizer
• decrease() : denoptim.logging.Monitor
• decreaseBy() : denoptim.logging.Monitor
• deepCopy() : denoptim.graph.rings.RingClosure, denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule
• deepcopy() : denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel
• DEFAULT_APCLASS : denoptim.ga.GraphOperationsTest
• DEFAULTBACKGROUND : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatibilityRuleLine, denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatRulesHeader, denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.TargetAPClassToken
• DEFAULTBT : denoptim.graph.APClass
• defaultRulesTabModel : denoptim.gui.CuttingRulesSelectionDialog
• DEFDIVLOC : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• defDivLoc : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• define() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• defineProgramBehavior() : denoptim.main.Main
• defineRotatableBonds() : denoptim.utils.RotationalSpaceUtils
• definingRegex : denoptim.files.FileFormat
• defualtSDFTags : denoptim.gui.GUIPreferences
• DEFUIDFILEOUTNAME : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• DELETE : denoptim.utils.MutationType
• deleteAtomsFlag() : denoptim.utils.AtomOrganizer
• deleteChain() : denoptim.ga.GraphOperations
• DELETECHAIN : denoptim.utils.MutationType
• deleteFile() : denoptim.files.FileUtils
• deleteFilesContaining() : denoptim.files.FileUtils
• deleteFragment() : denoptim.ga.GraphOperations
• deleteLink() : denoptim.ga.GraphOperations
• DELETELINK : denoptim.utils.MutationType
• DELETEVERTEX : denoptim.utils.GraphEdit.EditTask
• DENOPTIMException() : denoptim.exception.DENOPTIMException
• DENOPTIMgson() : denoptim.json.DENOPTIMgson
• deprotectEditedSystem() : denoptim.gui.GUIGraphHandler, denoptim.gui.GUIVertexInspector
• deprotectEdits() : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel, denoptim.gui.VertexViewPanel
• descDefinitionPane : denoptim.gui.FitnessParametersForm
• descDefScrollPane : denoptim.gui.FitnessParametersForm
• descName : denoptim.fitness.Variable
• descNameToTune : denoptim.gui.FitnessParametersForm
• description : denoptim.logging.CounterID, denoptim.main.Main.RunType
• descriptor : denoptim.fitness.descriptors.SocketProvidedDescriptorTest, denoptim.fitness.descriptors.TanimotoMolSimilarityTest
• DescriptorForFitness() : denoptim.fitness.DescriptorForFitness
• descriptors : denoptim.fitness.FitnessExpressionParser, denoptim.fitness.FitnessParameters, denoptim.fitness.FitnessProvider
• DescriptorTreeNode() : denoptim.gui.FitnessParametersForm.DescriptorTreeNode
• deserialize() : denoptim.graph.APClass.APClassDeserializer, denoptim.graph.DGraph.DENOPTIMGraphDeserializer, denoptim.graph.Vertex.DENOPTIMVertexDeserializer, denoptim.json.IAtomContainerDeserializer
• deserializeCheckpoint() : denoptim.combinatorial.CEBLUtils
• detectFileFormat() : denoptim.files.FileUtils
• detectKindFile() : denoptim.files.FileUtils
• detectKindOfJSONFile() : denoptim.files.FileUtils
• detectKindOfParameterFile() : denoptim.files.FileUtils
• detectKindOfSDFFile() : denoptim.files.FileUtils
• detectKindOfTXTFile() : denoptim.files.FileUtils
• detectSymVertexSets() : denoptim.graph.DGraph
• df : denoptim.ga.EAUtils
• dff : denoptim.gui.FitnessParametersForm.DescriptorTreeNode
• dfsEncodePaths() : denoptim.graph.DGraph
• DGraph() : denoptim.graph.DGraph
• dGraph : denoptim.task.FitnessTask
• dialogToDefineCuttingRules() : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• dictClasses : denoptim.fitness.DescriptorForFitness
• dictDefinition : denoptim.fitness.DescriptorForFitness
• dictTitle : denoptim.fitness.DescriptorForFitness
• dihedralRefPts : denoptim.graph.rings.PathSubGraph
• directedPathExists() : denoptim.graph.DGraph
• dirVec : denoptim.graph.AttachmentPoint
• DIRVEC : denoptim.graph.AttachmentPointTest
• displayAPCs : denoptim.gui.GraphViewerPanel.JEdge
• displayAPIDs : denoptim.gui.GraphViewerPanel.JEdge
• displayBBID : denoptim.gui.GraphViewerPanel.JVertex
• displayBndTyp : denoptim.gui.GraphViewerPanel.JEdge
• displayContent() : denoptim.gui.GUITextReader
• dispose() : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel, denoptim.gui.GraphViewerPanel, denoptim.gui.GUIGraphHandler, denoptim.gui.GUIVertexInspector, denoptim.gui.JmolPanel, denoptim.gui.MoleculeViewPanel, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexViewPanel
• distance() : denoptim.utils.MathUtils
• distAngles : denoptim.integration.tinker.TinkerAtom
• distH1T2 : denoptim.graph.rings.RingClosure
• distH2T1 : denoptim.graph.rings.RingClosure
• distH2T2 : denoptim.graph.rings.RingClosure
• dnGraph : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel, denoptim.gui.GUIGraphHandler
• dnGraphLibrary : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• DNPSpringLayout() : denoptim.gui.DNPSpringLayout< V, E >
• dnpVertex : denoptim.gui.GraphViewerPanel.JVertex
• doAddDuOnLinearity : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• doCheckFormula() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• doExhaustiveConfSrch() : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• doExtactRepresentativeConformer : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• doFiltering : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• doFragmentation : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• doManageIsomorphicFamilies : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• done : denoptim.graph.rings.RingSizeManager
• doPostFlightOperations() : denoptim.fragmenter.ParallelConformerExtractionAlgorithm, denoptim.fragmenter.ParallelFragmentationAlgorithm, denoptim.task.ParallelAsynchronousTaskExecutor
• doPreFilter() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• doPreFlightOperations() : denoptim.fragmenter.ParallelConformerExtractionAlgorithm, denoptim.fragmenter.ParallelFragmentationAlgorithm, denoptim.task.ParallelAsynchronousTaskExecutor
• doRejectWeirdIsotopes : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• DOUBLE : denoptim.graph.Edge.BondType
• DRY : denoptim.main.Main.RunType
• dummyApA1 : denoptim.graph.EdgeTest
• dummyApA2 : denoptim.graph.EdgeTest
• dummyApB : denoptim.graph.EdgeTest
• DUMMYATMSYMBOL : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• DummyAtomHandler() : denoptim.utils.DummyAtomHandler
• dummyVertexA : denoptim.graph.EdgeTest
• dummyVertexB : denoptim.graph.EdgeTest
• dumpData : denoptim.logging.Monitor
• dumpMonitor : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• dumpsId : denoptim.logging.Monitor
• dumpStep : denoptim.logging.Monitor
• DUPLICATEPREFITNESS : denoptim.logging.CounterID
• DynamicCentroidCluster() : denoptim.fragmenter.DynamicCentroidCluster