Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- r -

• RandomCombOfRingsIterator() : denoptim.graph.rings.RandomCombOfRingsIterator
• randomizer : denoptim.molecularmodeling.ThreeDimTreeBuilder
• Randomizer() : denoptim.utils.Randomizer
• randomlyChooseOne() : denoptim.utils.Randomizer
• randomPosition : denoptim.gui.DNPSpringLayout< V, E >.RecreateKnownPositions
• rbtLevelGrowth : denoptim.gui.GAParametersForm
• rbtMolSzGrowth : denoptim.gui.GAParametersForm
• RC_PARAMS : denoptim.programs.RunTimeParameters.ParametersType
• RCAAPCLASSSET : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• RCAAPCMAP : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• RCACLASSMINUS : denoptim.graph.APClass
• RCACLASSNEUTRAL : denoptim.graph.APClass
• RCACLASSPLUS : denoptim.graph.APClass
• RCALABELPERAPCLASS : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• RCAPROPAPCTORCA : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• RCAPROPCHORDBNDTYP : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• RCAPROPRINGUSER : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• rcArchive : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• RCATYPEMAP : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• rcbEvoChartLegend : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• rcbIsRCV : denoptim.gui.GUIEmptyVertexMaker
• rcbMntChartLegend : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• rcc : denoptim.graph.rings.PathSubGraph
• rccFolder : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• rccIndex : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• rcCompatMap : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• rcCompMatrixFile : denoptim.fragspace.FragmentSpaceParameters
• rccsPerChainId : denoptim.graph.rings.RingClosuresArchive
• rceMode : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• rcMaxDot : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• rcTolDist : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• RCV : denoptim.gui.GraphViewerPanel.JVertexType
• rcvs : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• rdb3dTrees : denoptim.gui.FitnessParametersForm
• rdbAddH : denoptim.gui.GAParametersForm
• rdbEmbTmpl : denoptim.gui.MolToGraphParametersDialog
• rdbFieldChange : denoptim.gui.ParametersForm
• rdbIntOrExt : denoptim.gui.FitnessParametersForm
• rdbPar10 : denoptim.gui.FSParametersForm
• rdbPar12 : denoptim.gui.FSParametersForm
• rdbPar24 : denoptim.gui.FSParametersForm
• rdbPar28 : denoptim.gui.FSParametersForm
• rdbPar5 : denoptim.gui.GAParametersForm
• rdbPar5a : denoptim.gui.GAParametersForm
• rdbPreFitnessUIDCheck : denoptim.gui.FitnessParametersForm
• rdbRingTmplsFrags : denoptim.gui.GAParametersForm
• rdbRingTmplsScaff : denoptim.gui.GAParametersForm
• rdbSrcOrNew : denoptim.gui.FitnessParametersForm, denoptim.gui.FSEParametersForm, denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm
• rdbUseCustom : denoptim.gui.CuttingRulesSelectionDialog
• rdbUseDefault : denoptim.gui.CuttingRulesSelectionDialog
• readAllAPClasses() : denoptim.io.DenoptimIO
• readAllAtomContainers() : denoptim.io.DenoptimIO
• readBridgeHesFindingRules() : denoptim.io.DenoptimIO
• readCandidateFromFile() : denoptim.ga.EAUtils
• readCandidates() : denoptim.io.DenoptimIO
• readCompatibilityMatrix() : denoptim.io.DenoptimIO
• readCSDFormulae() : denoptim.io.DenoptimIO
• readCuttingRules() : denoptim.io.DenoptimIO
• readDENOPTIMData() : denoptim.io.DenoptimIO
• readDENOPTIMGraphEditFromFile() : denoptim.io.DenoptimIO
• readDENOPTIMGraphsFromFile() : denoptim.io.DenoptimIO
• readDENOPTIMGraphsFromJSONFile() : denoptim.io.DenoptimIO
• readDENOPTIMGraphsFromSDFile() : denoptim.io.DenoptimIO
• readDENOPTIMGraphsFromTxtFile() : denoptim.io.DenoptimIO
• readDENOPTIMVertexesFromJSONFile() : denoptim.io.DenoptimIO
• readDENOPTIMVertexesFromSDFile() : denoptim.io.DenoptimIO
• reader : denoptim.json.DENOPTIMgson
• readGenerationFromSummary() : denoptim.io.DenoptimIO
• readGraphFromSDFileIAC() : denoptim.io.DenoptimIO
• readGraphsFromFile() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• readInputGraphs() : denoptim.programs.grapheditor.GraphEdParameters
• readKeyFileParams() : denoptim.molecularmodeling.MMBuilderUtils
• readLibraryOfRCCs() : denoptim.graph.rings.RingClosuresArchive
• readLightWeightCandidate() : denoptim.io.DenoptimIO
• readList() : denoptim.io.DenoptimIO
• readOneGeneration() : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• readParameterFile() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• readParameterLine() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• readPopulationMemberPathnames() : denoptim.io.DenoptimIO
• readPopulationMembersTraces() : denoptim.io.DenoptimIO
• readPopulationProps() : denoptim.io.DenoptimIO
• readPSSROTOutput() : denoptim.integration.tinker.TinkerUtils
• readPSSROTParams() : denoptim.integration.tinker.TinkerUtils
• readRCCompatibilityMatrix() : denoptim.io.DenoptimIO
• readRecentFilesMap() : denoptim.io.DenoptimIO
• readSDFFile() : denoptim.io.DenoptimIO
• readSDFProperties() : denoptim.io.DenoptimIO
• readText() : denoptim.io.DenoptimIO
• readTinkerAtomTypes() : denoptim.integration.tinker.TinkerUtils
• readTinkerIC() : denoptim.integration.tinker.TinkerUtils
• readTinkerXYZ() : denoptim.integration.tinker.TinkerUtils
• readUID() : denoptim.ga.EAUtils
• readVertexes() : denoptim.io.DenoptimIO
• readYesNoTrueFalse() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• reason : denoptim.graph.EdgeTest, denoptim.graph.VertexTest
• reassignSymmetricLabels() : denoptim.graph.DGraph
• rebuildBranch() : denoptim.ga.GraphOperations
• recCount : denoptim.graph.rings.CyclicGraphHandler
• RecentFileItem() : denoptim.gui.MainToolBar.RecentFileItem
• RECENTFILESLIST : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• recNum : denoptim.utils.DummyAtomHandler
• recordMateSelection : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• RecreateKnownPositions() : denoptim.gui.DNPSpringLayout< V, E >.RecreateKnownPositions
• recursiveCombiner() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceUtils
• referenceFingerprint : denoptim.fitness.descriptors.TanimotoMolSimilarity, denoptim.fitness.descriptors.TanimotoMolSimilarityBySubstructure
• referenceX : denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• referenceY : denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• refToThis : denoptim.gui.CuttingRulesSelectionDialog.SMARTSVisualizationButton
• REFTOVERTEXKERNEL : denoptim.graph.simplified.Node
• registerRCV() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• rejectedAPClassCombinations : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• rejectedAPClasses : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• rejectedDescriptors : denoptim.fitness.DescriptorUtils
• rejectedElements : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• RelatedAPPair() : denoptim.graph.RelatedAPPair
• remove() : denoptim.ga.Population, denoptim.ga.Population.XoverSitesAmongCandidates, denoptim.graph.APTreeMap
• removeActiveTab() : denoptim.gui.MainToolBar
• removeAll() : denoptim.fragmenter.DynamicCentroidCluster, denoptim.ga.Population
• removeAP() : denoptim.graph.Fragment
• removeAtom() : denoptim.graph.Fragment
• removeAtoms() : denoptim.graph.Fragment, denoptim.gui.GUIVertexInspector
• removeBond() : denoptim.graph.Fragment
• removeBranchStartingAt() : denoptim.graph.DGraph
• removeCandidates() : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• removeCappingGroups() : denoptim.graph.DGraph
• removeCappingGroupsFromChilds() : denoptim.graph.DGraph
• removeCappingGroupsOn() : denoptim.graph.DGraph
• removeCard() : denoptim.gui.GUIMainPanel
• removeCardActionListener() : denoptim.gui.GUICardPanel.removeCardActionListener
• removeChainUpToBranching() : denoptim.graph.DGraph
• removeCurrentDnGraph() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• removeCurrentVrtx() : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• removeDummy() : denoptim.utils.DummyAtomHandler
• removeDummyInHapto() : denoptim.utils.DummyAtomHandler
• removeEdge() : denoptim.graph.DGraph
• removeMutationType() : denoptim.graph.Vertex
• removeNestedGraphViewer() : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• removeOrphanBranchStartingAt() : denoptim.graph.DGraph
• removeProjectionOfInnerAP() : denoptim.graph.Template
• removeProperty() : denoptim.graph.Vertex
• removeRCA() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• removeRing() : denoptim.graph.DGraph
• removeSingleVertexAndWeld() : denoptim.graph.DGraph
• removeSymmetryRedundance() : denoptim.graph.DGraph
• removeSymmetryRedundantIds() : denoptim.graph.DGraph
• removeSymmetrySet() : denoptim.graph.DGraph
• REMOVETRGAPC : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• removeUpdate() : denoptim.gui.ParametersForm.FieldListener
• removeUsedRCA() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• removeVertex() : denoptim.graph.DGraph, denoptim.graph.Ring
• removeVertexAndWeld() : denoptim.graph.DGraph
• renderAsSelected() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.TargetAPClassToken
• renderdAsSelected() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatibilityRuleLine
• renderer : denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• renderForLackOfFragSpace() : denoptim.gui.ILoadFragSpace
• renderForPresenceOfFragSpace() : denoptim.gui.ILoadFragSpace
• renderIfMatches() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatibilityRuleLine
• renderMolVieverToNeedUpdate() : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• renderViewWithoutSelectedItems() : denoptim.gui.GUIInspectFSERun, denoptim.gui.GUIInspectGARun
• renderViewWithSelectedItem() : denoptim.gui.GUIInspectFSERun, denoptim.gui.GUIInspectGARun
• renumberAPs() : denoptim.gui.GraphViewerPanel
• renumberGraphVertices() : denoptim.graph.DGraph
• renumberVerticesGetMap() : denoptim.graph.DGraph
• reorderStartingFrom() : denoptim.utils.AtomOrganizer
• reorderVertexList() : denoptim.graph.DGraph
• REPLACECHILD : denoptim.utils.GraphEdit.EditTask
• replaceHatomWithAP() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• replacementStrategy : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• replaceSingleSubGraph() : denoptim.graph.DGraph
• replaceSubGraph() : denoptim.graph.DGraph
• replaceUnusedRCVsWithCapps() : denoptim.graph.DGraph
• replaceVertex() : denoptim.graph.DGraph, denoptim.graph.Ring
• replaceWorstPopMember : denoptim.ga.OffspringEvaluationTask
• reportError() : denoptim.main.Main
• reportForDebug() : denoptim.graph.rings.RingClosureFinder
• reportTimeoutIncidents : denoptim.graph.FragmentIsomorphismInspector
• reqElInRings : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• RequestHandler() : denoptim.fitness.descriptors.SocketProvidedDescriptorTest.RequestHandler
• requireCompleteRingclosure : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• requiredAPs : denoptim.graph.Template
• resetFragViewerCardDeck() : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• resetGraphOwner() : denoptim.graph.Vertex
• resetUniqueGraphCounter() : denoptim.utils.GraphUtils
• resetUniqueMoleculeCounter() : denoptim.utils.GraphUtils
• resetUniqueVertexCounter() : denoptim.utils.GraphUtils
• resetView() : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• resetViewInPlotByLevel() : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• resetViewInPlotOfSortedList() : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• resolver : denoptim.fitness.FitnessExpressionParser.CustomVariableDefiningContext, denoptim.fitness.FitnessExpressionParser.VariableDefiningContext
• restartFromCheckPoint() : denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters
• restartFromChkPt : denoptim.combinatorial.CombinatorialExplorerByLayer
• result : denoptim.gui.GUIModalDialog, denoptim.task.FitnessTask
• resultId : denoptim.fitness.DescriptorForFitness
• results : denoptim.fragmenter.ConformerExtractorTask, denoptim.fragmenter.FragmenterTask, denoptim.io.IteratingAtomContainerReader, denoptim.task.ParallelAsynchronousTaskExecutor
• retainAll() : denoptim.ga.Population
• revChainID : denoptim.graph.rings.PathSubGraph
• rightDownPanel : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• rightPanel : denoptim.gui.GUIInspectFSERun, denoptim.gui.GUIInspectGARun
• rightUpPanel : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• RING : denoptim.graph.GraphPattern
• Ring() : denoptim.graph.Ring
• ringClosabCondAsSMARTS : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• RingClosingAttractor() : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• RingClosingConformations() : denoptim.graph.rings.RingClosingConformations
• RingClosure() : denoptim.graph.rings.RingClosure
• RingClosureParameters() : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• RingClosuresArchive() : denoptim.graph.rings.RingClosuresArchive
• RingClosureTool() : denoptim.molecularmodeling.RingClosureTool
• ringSizeBias : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters, denoptim.graph.rings.RingSizeManager
• RingSizeManager() : denoptim.graph.rings.RingSizeManager
• ringUser : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• rndSeed : denoptim.utils.Randomizer
• rng : denoptim.fragmenter.FragmentClustererTest, denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest, denoptim.ga.GraphOperationsTest, denoptim.graph.TemplateTest, denoptim.programs.RunTimeParameters
• rootGraph : denoptim.fragspace.FragsCombinationIterator
• rootGraphs : denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters
• rootGraphsFile : denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters
• rootId : denoptim.combinatorial.CheckPoint, denoptim.combinatorial.GraphBuildingTask
• rotatableBnds : denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel
• rotatedVectorWAxisAngle() : denoptim.utils.CartesianSpaceUtils
• rotBndsFile : denoptim.fragspace.FragmentSpaceParameters
• roundValue() : denoptim.utils.MathUtils
• rsKeyFile : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• rsKeyFileParams : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• rsPssrotFile : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• rsPssrotParams_Init : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• rsPssrotParams_Rest : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• RULAPC1 : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• RULAPC2 : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• RULAPC3 : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• RULAPC4 : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• RULAPC5 : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• RULAPC6 : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• RULAPCC1 : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• RULAPCC2 : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• RULAPCS : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• rule : denoptim.graph.APClass, denoptim.programs.fragmenter.MatchedBond
• ruleName : denoptim.fragmenter.BridgeHeadFindingRule, denoptim.programs.fragmenter.CuttingRule
• run() : denoptim.combinatorial.CombinatorialExplorerByLayer, denoptim.fitness.descriptors.SocketProvidedDescriptorTest.MySocketServer, denoptim.fitness.descriptors.SocketProvidedDescriptorTest.RequestHandler, denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm, denoptim.ga.ExternalCmdsListener, denoptim.gui.GUI, denoptim.main.CLIOptions, denoptim.programs.fitnessevaluator.FPRunner, denoptim.task.ParallelAsynchronousTaskExecutor, denoptim.task.StaticTaskManager.ShutDownHook, denoptim.task.StreamGobbler
• runExternalFitness() : denoptim.task.FitnessTask
• runFitnessProvider() : denoptim.task.FitnessTask
• runFitnessTask : denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters
• runInternalFitness() : denoptim.task.FitnessTask
• runMutation() : denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunner
• runner : denoptim.programs.fitnessevaluator.FitnessRunner
• runProcess() : denoptim.task.ProcessHandler
• runProcessInBASH() : denoptim.task.ProcessHandler
• runProgram() : denoptim.programs.combinatorial.FragSpaceExplorer, denoptim.programs.denovo.GARunner, denoptim.programs.fitnessevaluator.FitnessRunner, denoptim.programs.fragmenter.Fragmenter, denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunner, denoptim.programs.grapheditor.GraphEditor, denoptim.programs.graphlisthandler.GraphListsHandler, denoptim.programs.isomorphism.Isomorphism, denoptim.programs.mol2graph.Mol2Graph, denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MolecularModelBuilder, denoptim.task.ProgramTask
• runProgramTask() : denoptim.main.Main
• RUNTIME : denoptim.utils.GeneralUtils
• RunTimeParameters() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• runType : denoptim.main.Behavior
• runXOver() : denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunner