Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- a -

• a : denoptim.ga.EAUtilsTest, denoptim.graph.DGraphTest
• acceptUnsetToSingeBO() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• acceptUnsetToSingeBOApprox : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• actionPerformed() : denoptim.gui.GUICardPanel.removeCardActionListener, denoptim.gui.GUIGraphHandler.showHideLabelsListener, denoptim.gui.ParametersForm.CmbFieldChange
• activateTabEditsListener() : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.GUIVertexInspector, denoptim.gui.GUIVertexSelector, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel, denoptim.gui.VertexViewPanel
• activeTabsAndRefs : denoptim.gui.MainToolBar
• activeTabsMenu : denoptim.gui.MainToolBar
• activeViewer : denoptim.gui.VertexViewPanel
• actvSrcAps : denoptim.fragspace.FragsCombinationIterator
• adaptVisibility() : denoptim.gui.FitnessParametersForm, denoptim.gui.ParametersForm
• add() : denoptim.ga.Population, denoptim.graph.SymmetricSet< T >, denoptim.gui.ButtonsBar, denoptim.gui.GUIMainPanel, denoptim.utils.MathUtils
• addActiveTab() : denoptim.gui.MainToolBar
• addAP() : denoptim.graph.EmptyVertex, denoptim.graph.Fragment
• addAPOnAtom() : denoptim.graph.Fragment
• addAtom() : denoptim.graph.Fragment, denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule
• addAtomToLayer() : denoptim.utils.AtomOrganizer
• addBond() : denoptim.graph.Fragment, denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule, denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel
• addCandidates() : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• addCappingGroups() : denoptim.graph.DGraph
• addCheckBox() : denoptim.gui.ScrollableJPupupMenu
• addChordOnGraph() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• addCompatibleCC() : denoptim.ga.GraphOperations.FragForClosabChains
• addDependentVariable() : denoptim.fitness.DescriptorForFitness
• addDummiesOnLinearities() : denoptim.utils.DummyAtomHandler
• addEdge() : denoptim.graph.DGraph
• addExplicitH : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• addFusedRing() : denoptim.ga.GraphOperations
• ADDFUSEDRING : denoptim.utils.MutationType
• addFusedRingsToFragmentLibrary() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• addInnerToOuterAPMapping() : denoptim.graph.Template
• additionalDocForParameters : denoptim.gui.FitnessParametersForm
• ADDLINK : denoptim.utils.MutationType
• addMolecule() : denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule
• addNewUniqueEntry() : denoptim.utils.SizeControlledSet
• addPoint() : denoptim.fragmenter.DynamicCentroidCluster
• addRecord() : denoptim.graph.rings.RingClosuresArchive
• addRequiredAP() : denoptim.graph.Template
• addRing() : denoptim.ga.GraphOperations, denoptim.graph.DGraph
• ADDRING : denoptim.utils.MutationType
• addRingClosingBond() : denoptim.graph.rings.RingSizeManager
• addRings() : denoptim.ga.GraphOperationsTest
• addSymmetricAPSet() : denoptim.graph.EmptyVertex, denoptim.graph.Fragment, denoptim.graph.Template, denoptim.graph.Vertex
• addSymmetricSetOfVertices() : denoptim.graph.DGraph
• addTemplatesToLibraries : denoptim.programs.fitnessevaluator.FRParameters
• addToCentralPane() : denoptim.gui.GUIModalDialog
• addTodoTask() : denoptim.task.StaticTaskManager
• addTodoTasks() : denoptim.task.StaticTaskManager
• addToNorthPane() : denoptim.gui.GUIModalDialog
• addToRecentFiles() : denoptim.files.FileUtils
• addToUnformattedTxt() : denoptim.gui.ParametersForm
• addVertex() : denoptim.graph.DGraph, denoptim.graph.Ring
• advOptsBlock : denoptim.gui.FSEParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm
• alignIn3D : denoptim.molecularmodeling.ThreeDimTreeBuilder
• ALL_ELEMENTS : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• ALL_METALS : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• allAPClasses : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• allAPClsInCPMap : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• allAPMappings : denoptim.fragspace.APMapFinder
• allAPRules : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• allBChekBoxes : denoptim.gui.ScrollableJPupupMenu
• allCapAPClasses : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• allCompatLinks : denoptim.fragspace.GraphLinkFinder
• allCoords : denoptim.fragmenter.ClusterableFragment
• allData : denoptim.utils.SizeControlledSet
• allIndividuals : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• allItems : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• allMatches : denoptim.utils.ManySMARTSQuery
• ALLOWED_ELEMENTS : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• ALLOWED_EXTENSIONS : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• allowedBridgeLength : denoptim.fragmenter.BridgeHeadFindingRule
• allowedMutationTypes : denoptim.graph.Vertex
• allowRingClosures() : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• allParams : denoptim.gui.GUIPrepare
• allPossibleChainIDs : denoptim.graph.rings.PathSubGraph
• allRCACombs : denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel
• allSrcAps : denoptim.fragspace.FragsCombinationIterator
• allTasksCompleted() : denoptim.combinatorial.CombinatorialExplorerByLayer, denoptim.task.ParallelAsynchronousTaskExecutor
• alteredAPData : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel, denoptim.gui.VertexViewPanel
• alterLabels() : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel, denoptim.gui.GraphViewerPanel
• angle() : denoptim.utils.MathUtils
• angs : denoptim.graph.rings.CyclicGraphHandler.ClosableConf
• ANY : denoptim.graph.Edge.BondType
• ap : denoptim.gui.GraphViewerPanel.JVertex
• AP : denoptim.gui.GraphViewerPanel.JVertexType
• apA : denoptim.graph.RelatedAPPair, denoptim.graph.simplified.UndirectedEdge
• apB : denoptim.graph.RelatedAPPair, denoptim.graph.simplified.UndirectedEdge
• APC : denoptim.gui.GraphViewerPanel.LabelType
• apc0 : denoptim.programs.fragmenter.CuttingRule
• APC1 : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• apc1 : denoptim.programs.fragmenter.CuttingRule
• APC2 : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• APC3 : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• APC4 : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• APC5 : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• APC6 : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• APCA : denoptim.fragspace.APMapFinderTest, denoptim.fragspace.GraphLinkFinderTest, denoptim.ga.EAUtilsTest, denoptim.ga.GraphOperationsTest, denoptim.ga.PopulationTest, denoptim.graph.DGraphTest
• APCAROMBRIDGE2EL : denoptim.graph.APClass
• APCAROMBRIDGE3EL : denoptim.graph.APClass
• APCAROMBRIDGE4EL : denoptim.graph.APClass
• APCAROMBRIDGES : denoptim.graph.APClass
• APCB : denoptim.fragspace.APMapFinderTest, denoptim.fragspace.GraphLinkFinderTest, denoptim.ga.EAUtilsTest, denoptim.ga.GraphOperationsTest, denoptim.ga.PopulationTest, denoptim.graph.DGraphTest
• APCC : denoptim.fragspace.APMapFinderTest, denoptim.fragspace.GraphLinkFinderTest, denoptim.ga.EAUtilsTest, denoptim.ga.GraphOperationsTest, denoptim.ga.PopulationTest, denoptim.graph.DGraphTest
• APCC1 : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• APCC2 : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• APCD : denoptim.fragspace.APMapFinderTest, denoptim.fragspace.GraphLinkFinderTest, denoptim.ga.GraphOperationsTest, denoptim.ga.PopulationTest, denoptim.graph.DGraphTest
• APCE : denoptim.fragspace.APMapFinderTest, denoptim.fragspace.GraphLinkFinderTest
• APCF : denoptim.fragspace.GraphLinkFinderTest
• APClass() : denoptim.graph.APClass
• apClass : denoptim.graph.AttachmentPoint
• APCLASS : denoptim.graph.AttachmentPointTest, denoptim.graph.FragmentTest
• apClass : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• apClassBasedApproch : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• apClassCompatibilityMatrix : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• apClassesPerFrag : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• APCMAPAP2BO : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• APCMAPCAPPING : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• APCMAPCOMPRULE : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• APCMAPFORBIDDENEND : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• APCMAPIGNORE : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• apCounter : denoptim.graph.DGraph
• APCS : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• APCSEP : denoptim.graph.FragmentTest
• apcStringSyntax : denoptim.gui.GUIAPClassDefinitionDialog
• APDATACHANGEEVENT : denoptim.gui.IVertexAPSelection
• apId : denoptim.fragspace.IdFragmentAndAP
• APID : denoptim.gui.GraphViewerPanel.LabelType
• apLeft : denoptim.graph.rings.ChainLink
• APMapFinder() : denoptim.fragspace.APMapFinder
• APMapping() : denoptim.graph.APMapping
• APORIGINALLENGTH : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• apPairsAreOverlapping() : denoptim.ga.EAUtils
• append3DFragmentsViaEdges() : denoptim.molecularmodeling.ThreeDimTreeBuilder
• appendGraphOnAP() : denoptim.graph.DGraph
• appendGraphOnGraph() : denoptim.graph.DGraph
• appendGraphsFromConvertingMolecule() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• appendGraphsFromFile() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• appendLink() : denoptim.graph.rings.ClosableChain
• appendToCentralPanel() : denoptim.gui.CuttingRulesSelectionDialog
• appendToResult() : denoptim.gui.GUIVertexSelector
• appendTxtFiles() : denoptim.io.DenoptimIO
• appendVertexesToGraphFollowingEdges() : denoptim.ga.EAUtils
• appendVertexOnAP() : denoptim.graph.DGraph
• appendVertexToLibrary() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• appendVerticesToLibrary() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• appLogger : denoptim.logging.StaticLogger
• apply() : denoptim.graph.DGraph.EdgeFinder, denoptim.gui.DNPSpringLayout< V, E >.RecreateKnownPositions, denoptim.gui.GraphViewerPanel.EdgeDrawPaintTransformer, denoptim.gui.GraphViewerPanel.EdgeLabelTransformer, denoptim.gui.GraphViewerPanel.EdgeStrokeTransformer, denoptim.gui.GraphViewerPanel.VertexFillPaintTransformer, denoptim.gui.GraphViewerPanel.VertexLabelTransformer, denoptim.gui.GraphViewerPanel.VertexShapePaintTransformer
• applySymmetry() : denoptim.ga.GraphOperations
• apRight : denoptim.graph.rings.ChainLink
• APRULE : denoptim.graph.AttachmentPointTest, denoptim.graph.FragmentTest
• APSTAG : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• APSUBRULE : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest, denoptim.graph.AttachmentPointTest, denoptim.graph.FragmentTest
• apSymSetId : denoptim.fragspace.IdFragmentAndAP
• apTable : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.GUIEmptyVertexMaker, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel
• apTabModel : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.GUIEmptyVertexMaker, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel
• apTabPanel : denoptim.gui.GUIEmptyVertexMaker
• areCloseEnough() : denoptim.json.DENOPTIMgsonTest, denoptim.utils.MoleculeUtilsTest
• areSameRingsSet() : denoptim.utils.RingClosingUtils
• at : denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• atm : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• atm0 : denoptim.programs.fragmenter.MatchedBond
• atm1 : denoptim.programs.fragmenter.MatchedBond
• ATMINUS : denoptim.graph.APClass
• atmNb : denoptim.integration.tinker.TinkerAtom
• atmNumStr : denoptim.graph.rings.PathSubGraph
• atmOveralScore : denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel
• ATMPROPAPS : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• ATMPROPORIGINALATMID : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• ATMPROPVERTEXID : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• ATMPROPVERTEXPATH : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• ATNEUTRAL : denoptim.graph.APClass
• atomIds : denoptim.json.LWBond
• atomOrderingScheme : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• atomOrders : denoptim.utils.AtomOrganizer
• AtomOrganizer() : denoptim.utils.AtomOrganizer
• atomPositionNumber : denoptim.graph.AttachmentPoint
• atomPositionNumberInMol : denoptim.graph.AttachmentPoint
• atoms() : denoptim.graph.Fragment, denoptim.integration.tinker.TinkerBond
• atomsAreCompatible() : denoptim.graph.Fragment
• ATOMSKEY : denoptim.json.IAtomContainerSerializer
• atomsPathVAVB : denoptim.graph.rings.PathSubGraph
• AtomSpecExpressionDefinition() : denoptim.gui.FitnessParametersForm.AtomSpecExpressionDefinition
• atomSpecific() : denoptim.fitness.Variable
• atomStr : denoptim.integration.tinker.TinkerAtom
• ATPLUS : denoptim.graph.APClass
• attA11 : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• attA12 : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• attachFragmentInClosableChain() : denoptim.ga.GraphOperations
• AttachmentPoint() : denoptim.graph.AttachmentPoint
• attB11 : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• attB12 : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• attemptAllRingClosures() : denoptim.molecularmodeling.RingClosureTool
• attemptRingClosure() : denoptim.molecularmodeling.RingClosureTool
• attractors : denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel
• attToAtmID : denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel
• attType : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• AUTHORS : denoptim.logging.Version