Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- t -

• t : denoptim.graph.rings.RingClosure
• t1 : denoptim.graph.rings.RingClosure
• t2 : denoptim.graph.rings.RingClosure
• tabbedPane : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm, denoptim.gui.GUIPrepare
• tabCustomVars : denoptim.gui.FitnessParametersForm
• tabCustomVarsMod : denoptim.gui.FitnessParametersForm
• tabFieldChange : denoptim.gui.ParametersForm
• tableCapping : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• tableChanged() : denoptim.gui.FragmentViewPanel.PausableTableModelListener, denoptim.gui.ParametersForm.TabFieldChange, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel.PausableTableModelListener, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.PausableTableModelListener
• tableFrbEnd : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• tabModCapping : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• tabModFrbEnd : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• tabModPar11 : denoptim.gui.FSParametersForm
• tabModPar21 : denoptim.gui.FSParametersForm
• tabModPar22 : denoptim.gui.FSParametersForm
• tabModPropTags : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• tabPanel : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.MoleculeViewPanel, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel
• tabPar11 : denoptim.gui.FSParametersForm
• tabPar21 : denoptim.gui.FSParametersForm
• tabPar22 : denoptim.gui.FSParametersForm
• tabPropTags : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• TANH : denoptim.gui.GAParametersForm.ProbabilityFuncitonShape
• TanimotoMolSimilarity() : denoptim.fitness.descriptors.TanimotoMolSimilarity
• TanimotoMolSimilarityBySubstructure() : denoptim.fitness.descriptors.TanimotoMolSimilarityBySubstructure
• TargetAPClassToken() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.TargetAPClassToken
• targetFragments : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• targetFragmentsFile : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• Task() : denoptim.task.Task
• task : denoptim.utils.GraphEdit
• taskCounter : denoptim.utils.TaskUtils
• taskID : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• taskList : denoptim.task.TasksBatchManager
• taskName : denoptim.integration.tinker.TinkerException
• TasksBatchManager() : denoptim.task.TasksBatchManager
• tb3d : denoptim.combinatorial.GraphBuildingTask
• tbm : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• tempDir : denoptim.fitness.FitnessExpressionParserTest, denoptim.fitness.FitnessProviderTest, denoptim.fragmenter.ParallelFragmentationAlgorithmTest, denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest, denoptim.ga.EAUtilsTest, denoptim.graph.TemplateTest, denoptim.io.DenoptimIOTest, denoptim.main.MainTest, denoptim.programs.denovo.GAParametersTest, denoptim.utils.SizeControlledSetTest
• Template() : denoptim.graph.Template, denoptim.graph.Vertex.VertexType
• TemplateConfiguration() : denoptim.gui.GUIGraphHandler.ConfigTemplateDialog.TemplateConfiguration
• templateJacket : denoptim.graph.DGraph
• templateURL : denoptim.gui.CuttingRulesSelectionDialog.SMARTSVisualizationButton
• terminate() : denoptim.main.Main
• tesGetNoisyPoint() : denoptim.utils.RandomizerTest
• test() : denoptim.utils.SizeControlledSetTest
• testAddAP_after_setInnerGraph_throwsException() : denoptim.graph.TemplateTest
• testAddFusedRings() : denoptim.ga.GraphOperationsTest
• testAddRing() : denoptim.ga.GraphOperationsTest
• testAPMapFinder() : denoptim.fragspace.APMapFinderTest
• testAPMapFinder_ConstrainAll() : denoptim.fragspace.APMapFinderTest
• testAPMapFinder_Constrained() : denoptim.fragspace.APMapFinderTest
• testAppendToJSON() : denoptim.io.DenoptimIOTest
• testAtLeastSameNumberOfAPs() : denoptim.graph.TemplateTest
• testAvailableThrougout() : denoptim.graph.AttachmentPointTest
• testAvoidRedundantXOver() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testBuildByXOver_Embedded_FixedStructure() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testBuildByXOver_Embedded_Free() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testBuildByXOver_Embedded_FreeBackwards() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testBuildByXOver_SubGraph() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testBuildGraphFromTemplateScaffold() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testCalculateCentroid() : denoptim.utils.MoleculeUtilsTest
• testCandidateGenerationMethod() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testCandidateGenerationMethodReproducibility() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• TestCase() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest.TestCase
• testChooseNumberOfSitesToMutate() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testClone() : denoptim.ga.PopulationTest, denoptim.graph.AttachmentPointTest, denoptim.graph.DGraphTest, denoptim.graph.FragmentTest, denoptim.graph.TemplateTest, denoptim.graph.VertexTest
• testCluster() : denoptim.fragmenter.FragmentClustererTest
• testCluster2() : denoptim.fragmenter.FragmentClustererTest
• testCompareFormulaAndElementalAnalysis() : denoptim.utils.FormulaUtilsTest
• testCompareTo() : denoptim.graph.APClassTest
• testConfigureDescriptorsList() : denoptim.fitness.FitnessProviderTest
• testConnectionDeconnectionLoop() : denoptim.graph.EdgeTest
• testConstructor() : denoptim.graph.APClassTest
• testConstructorsAndSDFString() : denoptim.graph.AttachmentPointTest
• testConstructorsAndSDFStringNoDirVec() : denoptim.graph.AttachmentPointTest
• testConversionTo3dTree() : denoptim.molecularmodeling.ThreeDimTreeBuilderTest
• testConversionToIAC() : denoptim.graph.FragmentTest
• testConvertSymmetricLabelsToSymmetricSets() : denoptim.graph.DGraphTest
• testCrowdingProbability() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testDefineProgramBehavior() : denoptim.main.MainTest
• testDetectFileFormat() : denoptim.io.DenoptimIOTest
• testDetectSymVertexSets() : denoptim.graph.DGraphTest
• testDistanceAsRMSD() : denoptim.fragmenter.FragmentClustererTest
• testEmbedPatternsInTemplates() : denoptim.graph.DGraphTest
• testEquals() : denoptim.graph.APClassTest, denoptim.graph.RelatedAPPairTest, denoptim.graph.SymmetricSetWithModeTest
• testEvaluateConstitutionalClosability() : denoptim.graph.rings.PathClosabilityToolsTest, denoptim.graph.rings.RandomCombOfRingIteratorTest
• testEvaluateRCVPair() : denoptim.graph.rings.RingSizeManagerTest
• testExploreConnectivity() : denoptim.fragmenter.FragmenterToolsTest
• testExploreHapticity() : denoptim.fragmenter.FragmenterToolsTest
• testExtendGraph() : denoptim.ga.GraphOperationsTest
• testExtractClusterableFragments() : denoptim.fragmenter.ConformerExtractorTaskTest
• testExtractPattern_fusedRings() : denoptim.ga.GraphOperationsTest
• testExtractPattern_returnsEmptyListIfNoRings() : denoptim.ga.GraphOperationsTest
• testExtractPattern_singleRingSystem() : denoptim.ga.GraphOperationsTest
• testExtractSubgraph() : denoptim.graph.DGraphTest
• testExtractSubgraphFromCollection() : denoptim.graph.DGraphTest
• testFilterFragment() : denoptim.fragmenter.FragmenterToolsTest
• testFindCDKDescriptors() : denoptim.fitness.DescriptorUtilsTest
• testFindDemoptimDescriptors() : denoptim.fitness.DescriptorUtilsTest
• testFindMappingCompatibileAPs() : denoptim.fragspace.APMapFinderTest
• testFindVertex() : denoptim.graph.DGraphTest
• testFitnessTabUID : denoptim.gui.GUIPrepareFitnessRunner
• testFromToJSON() : denoptim.graph.DGraphTest
• testFromToJSON_minimal() : denoptim.graph.VertexTest
• testFromToJSON_withSymmetricAPs() : denoptim.graph.VertexTest
• testFusedRingAddedToFragmentLibrary() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• testFusedRingAddedToScaffoldLibrary() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• testFusedRingOnlyAddedOnce() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• testFusionSiteDetection_ImposeSymmetry() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testGetAPsWithAPClassStartingWith() : denoptim.graph.VertexTest
• testGetAttachmentPoints_returnsAPsWithTemplateAsOwner() : denoptim.graph.TemplateTest
• testGetAttachmentPoints_returnsCorrectNumberOfAPs() : denoptim.graph.TemplateTest
• testGetAvailableAPs_returnsListOfAvailableAPs() : denoptim.graph.DGraphTest
• testGetCentroid() : denoptim.fragmenter.DynamicCentroidClusterTest
• testGetChildrenTree() : denoptim.graph.DGraphTest
• testGetChildrenTreeWithBranchIdentifier() : denoptim.graph.DGraphTest
• testGetCloserVertex() : denoptim.graph.RingTest
• testGetConstantFitness() : denoptim.fitness.FitnessProviderTest
• testGetDistance() : denoptim.graph.RingTest
• testGetEdbeUserThrougout() : denoptim.graph.AttachmentPointTest
• testGetEdgesWithSrcOrTrg() : denoptim.graph.DGraphTest
• testGetEmbeddedAP() : denoptim.graph.AttachmentPointTest
• testGetEmbeddedGraphInClone() : denoptim.graph.DGraphTest
• testGetEmbeddingPath() : denoptim.graph.DGraphTest
• testGetFitness() : denoptim.fitness.FitnessProviderTest
• testGetFitnessWithCustomDescriptors() : denoptim.fitness.FitnessProviderTest
• testGetFitnessWithParametrizedDescriptors() : denoptim.fitness.FitnessProviderTest
• testGetFragAPsCompatibleWithClass() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• testGetFragAPsCompatibleWithTheseAPs() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• testGetFragmentsCompatibleWithTheseAPs() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• testGetFragsWithAPClass() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• testGetFragsWithAPClassStartingWith() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• testGetIAtomContainer() : denoptim.graph.TemplateTest
• testGetIAtomContainer_DeepVertex() : denoptim.graph.TemplateTest
• testGetInterfaceAPs() : denoptim.graph.DGraphTest
• testGetJGraphKernelFromGraph() : denoptim.utils.GraphConversionToolTest
• testGetLevel() : denoptim.graph.DGraphTest
• testGetLinkedAP() : denoptim.graph.AttachmentPointTest
• testGetMatchingBonds() : denoptim.fragmenter.FragmenterToolsTest
• testGetMinimumRMSD() : denoptim.fragmenter.FragmentAlignementTest
• testGetMinMax() : denoptim.ga.PopulationTest
• testGetMutationSites() : denoptim.graph.DGraphTest, denoptim.graph.VertexTest
• testGetMWSlotIdentifier() : denoptim.fragmenter.FragmenterToolsTest
• testGetNearestToCentroid() : denoptim.fragmenter.DynamicCentroidClusterTest
• testGetPoint3d() : denoptim.utils.MoleculeUtilsTest
• testGetRCVsForAPClass() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• testGetRCVsWithAPClass() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• testGetRMSDStatsOfNoisyDistorsions() : denoptim.fragmenter.FragmentClustererTest
• testGetSameAsThis() : denoptim.graph.SymmetricAPsTest
• testGetSourceVertex() : denoptim.graph.DGraphTest
• testGetSubgraphAPs() : denoptim.graph.DGraphTest
• testGetSymmetricSubGraphs() : denoptim.graph.DGraphTest
• testGetTransformedCopy() : denoptim.fragmenter.ClusterableFragmentTest
• testGetUsableAliphaticBridges() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testGetUsableAromaticBridges() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testGetVerticesWithAPClass() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• testGetVerticesWithAPClasses() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• testGetVerticesWithAPFingerprint() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• testGraphIsomorphism() : denoptim.graph.DGraphTest
• testHandlingAPsAsObjOrProperty() : denoptim.graph.FragmentTest
• testHasConnectedSrcAtom() : denoptim.graph.AttachmentPointTest
• testHashCode() : denoptim.graph.SymmetricSetWithModeTest
• testHasSameSrcAtom() : denoptim.graph.AttachmentPointTest
• testIAtomContainerToJSONAndBack() : denoptim.json.DENOPTIMgsonTest
• testInterpretationOfKeywords() : denoptim.programs.denovo.GAParametersTest
• testIOCuttingRules() : denoptim.io.DenoptimIOTest
• testIOEmptyVertex() : denoptim.io.DenoptimIOTest
• testIOMolFragment() : denoptim.io.DenoptimIOTest
• testIOTemplate() : denoptim.io.DenoptimIOTest
• testIsConnectedToAromaticBridge() : denoptim.graph.VertexTest
• testIsInPercentile() : denoptim.ga.PopulationTest
• testIsIsostructuralTo() : denoptim.graph.DGraphTest
• testIsomorphicInLinear() : denoptim.graph.FragmentTest
• testIsomorphicTo() : denoptim.graph.FragmentTest
• testIsomorphismExists() : denoptim.graph.FragmentIsomorphismInspectorTest
• testIsSrcInUser() : denoptim.graph.AttachmentPointTest
• testIsValidAPRuleString() : denoptim.graph.APClassTest
• testIsValidAPSubCLassString() : denoptim.graph.APClassTest
• testLinkFromEdge() : denoptim.fragspace.GraphLinkFinderTest
• testLinkFromEdgeNoMatch() : denoptim.fragspace.GraphLinkFinderTest
• testLinkFromEdgeOneMatch() : denoptim.fragspace.GraphLinkFinderTest
• testLinkFromVertex() : denoptim.fragspace.GraphLinkFinderTest
• testListContains() : denoptim.graph.APClassTest
• testLocateCompatibleXOverPoints() : denoptim.ga.GraphOperationsTest
• testLogging() : denoptim.programs.denovo.GAParametersTest
• testMakeGraphFromFragmentationOfMol() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testMakeGraphFromFragmentationOfMol_cappingGroups() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testMakeGraphFromFragmentationOfMol_linearities() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testMakeGraphFromFragmentationOfMol_ScaffoldingPolicy() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testMakeGraphFromFragmentationOfMol_symmetry() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testMakeGraphFromFragmentationOfMol_Symmetry() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testMakePathSubGraph() : denoptim.graph.rings.PathSubGraphTest
• testMatches() : denoptim.io.SMILESListFormatTest
• testMolecularFragmentSerialization() : denoptim.json.DENOPTIMgsonTest
• testNaNFitness() : denoptim.fitness.FitnessProviderTest
• testNestedTemplateCloning() : denoptim.graph.TemplateTest
• testParseFormula() : denoptim.utils.FormulaUtilsTest
• testParsingOfCSDFormula() : denoptim.utils.FormulaUtilsTest
• testParsingofSdfAPString() : denoptim.graph.AttachmentPointTest
• testPerformSUS() : denoptim.ga.SeelctionHelperTest
• testPopulationVersion() : denoptim.ga.PopulationTest
• testProcessExpressions() : denoptim.fitness.FitnessExpressionParserTest
• testProjectToClonedGraphs() : denoptim.ga.XoverSiteTest
• testRandomizerReproducibility() : denoptim.utils.RandomizerTest
• testRandomlyChooseOne() : denoptim.utils.RandomizerTest
• testReadAllAPClasses() : denoptim.io.DenoptimIOTest
• testReadAllAtomContainersFromCIF() : denoptim.io.DenoptimIOTest
• testReadCSDFormulae() : denoptim.io.DenoptimIOTest
• testReadCuttingRulsedDefault() : denoptim.io.DenoptimIOTest
• testReadGenerationFromSummary() : denoptim.io.DenoptimIOTest
• testReadLightWeightCandidate() : denoptim.io.DenoptimIOTest
• testRemoveCapping() : denoptim.graph.DGraphTest
• testRemoveUnusedRCVs() : denoptim.graph.DGraphTest
• testRemoveVertex() : denoptim.graph.DGraphTest
• testReplaceSubGraph() : denoptim.graph.DGraphTest
• testReplaceSubGraph_inTemplate() : denoptim.graph.DGraphTest
• testReplaceVertex() : denoptim.graph.DGraphTest
• testReplaceVertex_inRing() : denoptim.graph.DGraphTest
• testSameAPClass() : denoptim.graph.TemplateTest
• testSameAs() : denoptim.graph.AttachmentPointTest, denoptim.graph.SymmetricAPsTest
• testSameAs_DiffAPClass() : denoptim.graph.AttachmentPointTest
• testSameAs_DiffAPNum() : denoptim.graph.VertexTest
• testSameAs_DiffBndTyp() : denoptim.graph.EdgeTest
• testSameAs_DiffRings() : denoptim.graph.DGraphTest
• testSameAs_DiffSrcAtm() : denoptim.graph.AttachmentPointTest
• testSameAs_DiffSymmSet() : denoptim.graph.DGraphTest
• testSameAs_DiffVertex() : denoptim.graph.DGraphTest
• testSameAs_DisorderRings() : denoptim.graph.DGraphTest
• testSameAs_Equal() : denoptim.graph.DGraphTest, denoptim.graph.EdgeTest, denoptim.graph.VertexTest
• testSameAs_SameRings() : denoptim.graph.DGraphTest
• testSameAs_SameSymmSet() : denoptim.graph.DGraphTest
• testSearchForApPairsSuitableToRingFusion() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testSelectNonScaffoldNonCapVertex() : denoptim.ga.EAUtilsTest
• testSerializeDeserializeDENOPTIMGraphs() : denoptim.io.DenoptimIOTest
• testSetInnerGraph_throws_on_graph_incompatible_w_requiredAPs() : denoptim.graph.TemplateTest
• testSetNaturalNodeOrder() : denoptim.fragmenter.ClusterableFragmentTest
• testSocketProvidedDescriptor() : denoptim.fitness.descriptors.SocketProvidedDescriptorTest
• testSortAPs() : denoptim.graph.AttachmentPointTest
• testSplitInputForThreads() : denoptim.fragmenter.ParallelFragmentationAlgorithmTest
• testSymmetricSetLabels() : denoptim.graph.DGraphTest
• testSymmetry() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• testTanimotoMolSimilarity() : denoptim.fitness.descriptors.TanimotoMolSimilarityTest
• testTemplateSerialization() : denoptim.json.DENOPTIMgsonTest
• testTermination() : denoptim.gui.DNPSpringLayout< V, E >
• testTimeout() : denoptim.graph.FragmentIsomorphismInspectorTest
• testUndirectedComparison() : denoptim.graph.EdgeTest, denoptim.graph.RingTest, denoptim.graph.UndirectedEdgeRelationTest
• testUnionOfSets() : denoptim.utils.GenUtilsTest
• testUseWholeMolGeometryForExtractedTemplates() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest
• testXOverCompatibility() : denoptim.ga.PopulationTest
• testYesNoTrueFalseKeyword() : denoptim.programs.denovo.GAParametersTest
• texReaderTabUID : denoptim.gui.GUITextReader
• ThreeDimTreeBuilder() : denoptim.molecularmodeling.ThreeDimTreeBuilder
• thrownByTask : denoptim.combinatorial.CombinatorialExplorerByLayer, denoptim.task.ParallelAsynchronousTaskExecutor
• thrownExc : denoptim.task.Task
• timeout : denoptim.graph.FragmentIsomorphismInspector
• timeStamp : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• TINKER_MAP : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• TinkerAtom() : denoptim.integration.tinker.TinkerAtom
• TinkerBond() : denoptim.integration.tinker.TinkerBond
• TinkerException() : denoptim.integration.tinker.TinkerException
• TinkerMolecule() : denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule
• titlePanel : denoptim.gui.VertexViewPanel
• tmol : denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel
• TMPFRAGFILEFORMAT : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• TMPLVIEWERCARDNAME : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• tmpSDFFile : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.MoleculeViewPanel
• tmpSpace : denoptim.gui.GUIPreferences
• toAp : denoptim.gui.GraphViewerPanel.JEdge
• toIAtom() : denoptim.json.LWAtom
• toIntMappig() : denoptim.graph.APMapping
• toJson() : denoptim.graph.DGraph, denoptim.graph.EmptyVertex, denoptim.graph.Fragment, denoptim.graph.Template
• toleratePartialData : denoptim.gui.MoleculeViewPanel
• toolBar : denoptim.gui.GUIMainPanel
• toOldInt() : denoptim.graph.Vertex.BBType
• toolINTXYZ : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• toolPSSROT : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• toolXYZINT : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• topoMat : denoptim.graph.rings.RingSizeManager
• torsion() : denoptim.utils.MathUtils
• toSDFString() : denoptim.graph.APClass
• toString() : denoptim.combinatorial.CheckPoint, denoptim.fitness.DescriptorForFitness, denoptim.fitness.Variable, denoptim.fragspace.IdFragmentAndAP, denoptim.ga.XoverSite, denoptim.graph.APClass, denoptim.graph.APMapping, denoptim.graph.AttachmentPoint, denoptim.graph.Candidate, denoptim.graph.DGraph, denoptim.graph.Edge, denoptim.graph.EmptyVertex, denoptim.graph.Fragment, denoptim.graph.RelatedAPPair, denoptim.graph.Ring, denoptim.graph.rings.ChainLink, denoptim.graph.rings.ClosableChain, denoptim.graph.rings.CyclicGraphHandler.ClosableConf, denoptim.graph.rings.PathSubGraph, denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor, denoptim.graph.rings.RingClosingConformations, denoptim.graph.rings.RingClosure, denoptim.graph.simplified.Node, denoptim.graph.simplified.UndirectedEdge, denoptim.graph.SymmetricAPs, denoptim.graph.SymmetricVertexes, denoptim.graph.Vertex, denoptim.integration.tinker.TinkerAtom, denoptim.programs.fragmenter.CuttingRule, denoptim.task.Task, denoptim.utils.ConnectedLigand, denoptim.utils.ObjectPair
• toStringNoId() : denoptim.graph.AttachmentPoint
• totalGraphsLabel : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• totalVerticesLabel : denoptim.gui.GUIVertexSelector
• totalVrtxsLabel : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• totCandsPerAP : denoptim.fragspace.FragsCombinationIterator
• totCombs : denoptim.fragspace.FragsCombinationIterator
• totSubmittedTasks : denoptim.combinatorial.CombinatorialExplorerByLayer
• tp1 : denoptim.utils.MathUtils
• tp2 : denoptim.utils.MathUtils
• tp3 : denoptim.utils.MathUtils
• tp4 : denoptim.utils.MathUtils
• tpe : denoptim.combinatorial.CombinatorialExplorerByLayer, denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm, denoptim.programs.fitnessevaluator.FPRunner, denoptim.task.ParallelAsynchronousTaskExecutor, denoptim.task.StaticTaskManager
• translateOrigin() : denoptim.utils.CartesianSpaceUtils
• translateX : denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• translateY : denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• trgAP : denoptim.graph.Edge
• trgAPC : denoptim.graph.EdgeQuery, denoptim.gui.GraphViewerPanel.JEdge
• trgAPClass : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.TargetAPClassToken
• trgAPClLabel : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.TargetAPClassToken
• trgAPID : denoptim.graph.EdgeQuery, denoptim.gui.GraphViewerPanel.JEdge
• trgClassesPanel : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatibilityRuleLine
• trgClassesScroller : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatibilityRuleLine
• trgDelListener : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatibilityRuleLine
• TrgRemovalListener() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.TrgRemovalListener
• trgVertexId : denoptim.graph.EdgeQuery
• trim() : denoptim.ga.Population
• TRIPLE : denoptim.graph.Edge.BondType
• tuningPoint : denoptim.graph.rings.ClosableChain
• turningPointVert : denoptim.graph.rings.PathSubGraph
• TwoDimStructurePanel() : denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• twoDimView : denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel
• twoDimViewer : denoptim.gui.VertexViewPanel
• TWODVIEWERCARDNAME : denoptim.gui.VertexViewPanel
• TXT : denoptim.files.FileFormat
• txtAPCName : denoptim.gui.GUIAPClassDefinitionDialog
• txtChartPointSize : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• txtCPMat : denoptim.gui.FSParametersForm
• txtEq : denoptim.gui.FitnessParametersForm
• txtFitProviderInterpreter : denoptim.gui.FitnessParametersForm
• txtFitProviderSource : denoptim.gui.FitnessParametersForm
• txtFPSource : denoptim.gui.FitnessParametersForm
• txtFrgMols : denoptim.gui.GAParametersForm
• txtFSESource : denoptim.gui.FSEParametersForm
• txtFSSource : denoptim.gui.FSParametersForm
• txtGASource : denoptim.gui.GAParametersForm
• txtGraphNodeSize : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• txtGraphTxtSize : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• txtInFile : denoptim.gui.GUIPrepareFitnessRunner.InputForm
• txtLinearity : denoptim.gui.CuttingRulesSelectionDialog
• txtMolToGraph : denoptim.gui.GAParametersForm
• txtOutFile : denoptim.gui.GUIPrepareFitnessRunner.InputForm
• txtPane : denoptim.gui.GUITextReader
• txtPar1 : denoptim.gui.FSEParametersForm, denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm
• txtPar10 : denoptim.gui.GAParametersForm
• txtPar11 : denoptim.gui.FSEParametersForm
• txtPar12 : denoptim.gui.FSEParametersForm
• txtPar15 : denoptim.gui.FSParametersForm
• txtPar16 : denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm
• txtPar17 : denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm
• txtPar18 : denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm
• txtPar2 : denoptim.gui.FSEParametersForm, denoptim.gui.FSParametersForm
• txtPar20 : denoptim.gui.GAParametersForm
• txtPar21 : denoptim.gui.GAParametersForm
• txtPar22 : denoptim.gui.GAParametersForm
• txtPar23 : denoptim.gui.FSParametersForm
• txtPar24 : denoptim.gui.GAParametersForm
• txtPar25 : denoptim.gui.FSParametersForm
• txtPar26 : denoptim.gui.FSParametersForm
• txtPar27 : denoptim.gui.FSParametersForm
• txtPar3 : denoptim.gui.FSEParametersForm, denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm
• txtPar30 : denoptim.gui.FSParametersForm
• txtPar31 : denoptim.gui.FSParametersForm
• txtPar32 : denoptim.gui.FSParametersForm
• txtPar33 : denoptim.gui.FSParametersForm
• txtPar34 : denoptim.gui.FSParametersForm
• txtPar4 : denoptim.gui.FSEParametersForm
• txtPar5 : denoptim.gui.FSEParametersForm, denoptim.gui.FSParametersForm
• txtPar6 : denoptim.gui.FSEParametersForm, denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm
• txtPar7 : denoptim.gui.FSEParametersForm, denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm
• txtPar8 : denoptim.gui.FSEParametersForm, denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm
• txtPar9 : denoptim.gui.FSEParametersForm, denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm
• txtParMSM : denoptim.gui.GAParametersForm
• txtParWC : denoptim.gui.GAParametersForm
• txtScaffoldingPolicy : denoptim.gui.MolToGraphParametersDialog
• txtSearch : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• txtTmpSpace : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• txtUnformattedInput : denoptim.gui.ParametersForm
• type : denoptim.task.StreamGobbler