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• acceptUnsetToSingeBO() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• actionPerformed() : denoptim.gui.GUICardPanel.removeCardActionListener, denoptim.gui.GUIGraphHandler.showHideLabelsListener, denoptim.gui.ParametersForm.CmbFieldChange
• activateTabEditsListener() : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.GUIVertexInspector, denoptim.gui.GUIVertexSelector, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel, denoptim.gui.VertexViewPanel
• adaptVisibility() : denoptim.gui.FitnessParametersForm, denoptim.gui.ParametersForm
• add() : denoptim.ga.Population, denoptim.graph.SymmetricSet< T >, denoptim.gui.ButtonsBar, denoptim.gui.GUIMainPanel, denoptim.utils.MathUtils
• addActiveTab() : denoptim.gui.MainToolBar
• addAP() : denoptim.graph.EmptyVertex, denoptim.graph.Fragment
• addAPOnAtom() : denoptim.graph.Fragment
• addAtom() : denoptim.graph.Fragment, denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule
• addAtomToLayer() : denoptim.utils.AtomOrganizer
• addBond() : denoptim.graph.Fragment, denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule, denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel
• addCandidates() : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• addCappingGroups() : denoptim.graph.DGraph
• addCheckBox() : denoptim.gui.ScrollableJPupupMenu
• addChordOnGraph() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• addCompatibleCC() : denoptim.ga.GraphOperations.FragForClosabChains
• addDependentVariable() : denoptim.fitness.DescriptorForFitness
• addDummiesOnLinearities() : denoptim.utils.DummyAtomHandler
• addEdge() : denoptim.graph.DGraph
• addExplicitH() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• addFusedRing() : denoptim.ga.GraphOperations
• addFusedRingsToFragmentLibrary() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• addInnerToOuterAPMapping() : denoptim.graph.Template
• addMolecule() : denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule
• addNewUniqueEntry() : denoptim.utils.SizeControlledSet
• addPoint() : denoptim.fragmenter.DynamicCentroidCluster
• addRecord() : denoptim.graph.rings.RingClosuresArchive
• addRequiredAP() : denoptim.graph.Template
• addRing() : denoptim.ga.GraphOperations, denoptim.graph.DGraph
• addRingClosingBond() : denoptim.graph.rings.RingSizeManager
• addRings() : denoptim.ga.GraphOperationsTest
• addSymmetricAPSet() : denoptim.graph.EmptyVertex, denoptim.graph.Fragment, denoptim.graph.Template, denoptim.graph.Vertex
• addSymmetricSetOfVertices() : denoptim.graph.DGraph
• addToCentralPane() : denoptim.gui.GUIModalDialog
• addTodoTask() : denoptim.task.StaticTaskManager
• addTodoTasks() : denoptim.task.StaticTaskManager
• addToNorthPane() : denoptim.gui.GUIModalDialog
• addToRecentFiles() : denoptim.files.FileUtils
• addToUnformattedTxt() : denoptim.gui.ParametersForm
• addVertex() : denoptim.graph.DGraph, denoptim.graph.Ring
• allowRingClosures() : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• allTasksCompleted() : denoptim.combinatorial.CombinatorialExplorerByLayer, denoptim.task.ParallelAsynchronousTaskExecutor
• alterLabels() : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel, denoptim.gui.GraphViewerPanel
• angle() : denoptim.utils.MathUtils
• APClass() : denoptim.graph.APClass
• APMapFinder() : denoptim.fragspace.APMapFinder
• APMapping() : denoptim.graph.APMapping
• apPairsAreOverlapping() : denoptim.ga.EAUtils
• append3DFragmentsViaEdges() : denoptim.molecularmodeling.ThreeDimTreeBuilder
• appendGraphOnAP() : denoptim.graph.DGraph
• appendGraphOnGraph() : denoptim.graph.DGraph
• appendGraphsFromConvertingMolecule() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• appendGraphsFromFile() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• appendLink() : denoptim.graph.rings.ClosableChain
• appendToCentralPanel() : denoptim.gui.CuttingRulesSelectionDialog
• appendToResult() : denoptim.gui.GUIVertexSelector
• appendTxtFiles() : denoptim.io.DenoptimIO
• appendVertexesToGraphFollowingEdges() : denoptim.ga.EAUtils
• appendVertexOnAP() : denoptim.graph.DGraph
• appendVertexToLibrary() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• appendVerticesToLibrary() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• apply() : denoptim.graph.DGraph.EdgeFinder, denoptim.gui.DNPSpringLayout< V, E >.RecreateKnownPositions, denoptim.gui.GraphViewerPanel.EdgeDrawPaintTransformer, denoptim.gui.GraphViewerPanel.EdgeLabelTransformer, denoptim.gui.GraphViewerPanel.EdgeStrokeTransformer, denoptim.gui.GraphViewerPanel.VertexFillPaintTransformer, denoptim.gui.GraphViewerPanel.VertexLabelTransformer, denoptim.gui.GraphViewerPanel.VertexShapePaintTransformer
• applySymmetry() : denoptim.ga.GraphOperations
• areCloseEnough() : denoptim.json.DENOPTIMgsonTest, denoptim.utils.MoleculeUtilsTest
• areSameRingsSet() : denoptim.utils.RingClosingUtils
• AtomOrganizer() : denoptim.utils.AtomOrganizer
• atoms() : denoptim.graph.Fragment
• atomsAreCompatible() : denoptim.graph.Fragment
• AtomSpecExpressionDefinition() : denoptim.gui.FitnessParametersForm.AtomSpecExpressionDefinition
• atomSpecific() : denoptim.fitness.Variable
• attachFragmentInClosableChain() : denoptim.ga.GraphOperations
• AttachmentPoint() : denoptim.graph.AttachmentPoint
• attemptAllRingClosures() : denoptim.molecularmodeling.RingClosureTool
• attemptRingClosure() : denoptim.molecularmodeling.RingClosureTool