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• identifySymmetryRelatedAPSets() : denoptim.graph.Fragment
• IdFragmentAndAP() : denoptim.fragspace.IdFragmentAndAP
• importAllAPClassesFromCappingGroupLibs() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• importAllAPClassesFromCPMatrix() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• importAllAPClassesFromFragmentLibs() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• importAllCappingGroupsAPClassesFromCPMatrix() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• importCompatibilityMatrixFromFile() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• importCPMapFromFile() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm, denoptim.gui.GUICompatibilityMatrixTab
• importFSERunData() : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• importGARunData() : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• importGraphsFromFile() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• importInitialPopulation() : denoptim.ga.EAUtils
• importParameterFromLine() : denoptim.gui.ParametersForm
• importParametersFromDenoptimParamsFile() : denoptim.gui.FitnessParametersForm, denoptim.gui.FSEParametersForm, denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm, denoptim.gui.GUIPrepare, denoptim.gui.GUIPrepareFitnessRunner.InputForm, denoptim.gui.IParametersForm, denoptim.gui.ParametersForm
• importRCCompatibilityMatrixFromFile() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• importSingleParameter() : denoptim.gui.FitnessParametersForm, denoptim.gui.FSEParametersForm, denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm, denoptim.gui.GUIPrepareFitnessRunner.InputForm, denoptim.gui.IParametersForm, denoptim.gui.ParametersForm
• importStructureFromFile() : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• importStructureFromSMILES() : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• importVertices() : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• importVerticesFromFile() : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• imposeSymmetryOnAPsOfClass() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• increase() : denoptim.logging.Monitor
• increaseBy() : denoptim.logging.Monitor
• indexOf() : denoptim.graph.DGraph, denoptim.graph.Fragment, denoptim.graph.Ring
• indexOfVertexWithID() : denoptim.graph.DGraph
• inheritFeatures() : denoptim.gui.GraphViewerPanel
• initialiseFormatter() : denoptim.ga.EAUtils
• initialiseRNG() : denoptim.utils.Randomizer
• initialiseSeed() : denoptim.utils.Randomizer
• initialize() : denoptim.graph.rings.RingSizeManager, denoptim.gui.DNPSpringLayout< V, E >, denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel, denoptim.gui.GraphViewerPanel, denoptim.gui.GUICompatibilityMatrixTab, denoptim.gui.GUIGraphHandler, denoptim.gui.GUIInspectFSERun, denoptim.gui.GUIInspectGARun, denoptim.gui.GUIModalDialog, denoptim.gui.GUIPrepare, denoptim.gui.GUIPrepareFitnessRunner, denoptim.gui.GUIPrepareFSERun, denoptim.gui.GUIPrepareGARun, denoptim.gui.GUITextReader, denoptim.gui.GUIVertexInspector, denoptim.gui.HomePanel, denoptim.gui.MainToolBar, denoptim.gui.MoleculeViewPanel, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel, denoptim.gui.VertexViewPanel
• initializeCurrentGraph() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• initializePopulation() : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• InputForm() : denoptim.gui.GUIPrepareFitnessRunner.InputForm
• insertSingleVertex() : denoptim.graph.DGraph
• insertUpdate() : denoptim.gui.ParametersForm.FieldListener
• insertVertex() : denoptim.graph.DGraph, denoptim.graph.Ring
• instantiateParametersFile() : denoptim.gui.GUIPrepare
• interpreteMsg() : denoptim.integration.tinker.TinkerException
• interpretKeyword() : denoptim.fitness.FitnessParameters, denoptim.fragspace.FragmentSpaceParameters, denoptim.graph.rings.RingClosureParameters, denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters, denoptim.programs.denovo.GAParameters, denoptim.programs.fitnessevaluator.FRParameters, denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters, denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunnerParameters, denoptim.programs.grapheditor.GraphEdParameters, denoptim.programs.graphlisthandler.GraphListsHandlerParameters, denoptim.programs.isomorphism.IsomorphismParameters, denoptim.programs.mol2graph.Mol2GraphParameters, denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters, denoptim.programs.RunTimeParameters
• involvesMetal() : denoptim.programs.fragmenter.CuttingRule
• involvesVertex() : denoptim.graph.rings.ClosableChain
• involvesVertexAndAP() : denoptim.graph.rings.ClosableChain
• is3D() : denoptim.graph.Fragment
• isAromaticBridge() : denoptim.graph.Vertex
• isAtm() : denoptim.graph.FragIsomorphNode
• isAttractor() : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• isAvailable() : denoptim.graph.AttachmentPoint
• isAvailableThroughout() : denoptim.graph.AttachmentPoint
• isClassEnabled() : denoptim.graph.AttachmentPoint
• isCLIEnabled() : denoptim.main.Main.RunType
• isClosable() : denoptim.graph.rings.RingClosure
• isCloseable() : denoptim.graph.rings.PathClosabilityTools
• isCompatible() : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• isCompleted() : denoptim.task.Task
• isConnected() : denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule
• isConnectedToAromaticBridge() : denoptim.graph.Vertex
• isCPMapCompatibleWith() : denoptim.graph.APClass
• isCrossoverPossible() : denoptim.ga.GraphOperations
• isDefined() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• isDummy() : denoptim.utils.ConnectedLigand, denoptim.utils.MoleculeUtils
• isElement() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• isFolder() : denoptim.files.FileFormat
• isHAPTO() : denoptim.programs.fragmenter.CuttingRule
• isIsomorphicTo() : denoptim.graph.DGraph, denoptim.graph.Fragment
• isIsostructuralTo() : denoptim.graph.DGraph
• isLineInTxtFile() : denoptim.files.FileUtils
• isNanFitnessKillsExperiment() : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• Isomorphism() : denoptim.programs.isomorphism.Isomorphism
• isomorphismExists() : denoptim.graph.FragmentIsomorphismInspector
• IsomorphismParameters() : denoptim.programs.isomorphism.IsomorphismParameters
• isRCV() : denoptim.graph.Vertex
• isReversible() : denoptim.graph.DGraph
• isSame() : denoptim.utils.ObjectPair
• isSaveClustersOfConformerToFile() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• isSortOrderDecreasing() : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• isSrcInUser() : denoptim.graph.AttachmentPoint
• isSrcInUserThroughout() : denoptim.graph.AttachmentPoint
• isStandaloneFragmentClustering() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• isSymmetric() : denoptim.programs.fragmenter.CuttingRule
• isTorsionUsed() : denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule
• isUseCentroidsAsRepresentativeConformer() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• isUsed() : denoptim.graph.rings.RingClosingAttractor
• isValidAPClassString() : denoptim.graph.APClass
• isValidAPRuleString() : denoptim.graph.APClass
• isValidAPSubCLassString() : denoptim.graph.APClass
• isValidInnerGraph() : denoptim.graph.Template
• isVertexIDInRing() : denoptim.graph.DGraph
• isVertexInRing() : denoptim.graph.DGraph
• isWithinPercentile() : denoptim.ga.Population
• isWorkingIn3D() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• isXMLBased() : denoptim.io.SMILESListFormat
• IteratingAtomContainerReader() : denoptim.io.IteratingAtomContainerReader