Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- e -

• ea : denoptim.ga.ExternalCmdsListener, denoptim.programs.denovo.GARunner
• ecl : denoptim.programs.denovo.GARunner
• Edge() : denoptim.graph.Edge
• EdgeFinder() : denoptim.graph.DGraph.EdgeFinder
• EdgeQuery() : denoptim.graph.EdgeQuery
• edgeQuery : denoptim.utils.GraphEdit
• edgesPathVAVB : denoptim.graph.rings.PathSubGraph
• edgesWithLabels : denoptim.gui.JUNGGraphSnapshot
• edgeToParent : denoptim.gui.GraphViewerPanel.JVertex
• editableAPTable : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel, denoptim.gui.VertexViewPanel
• editGraph() : denoptim.graph.DGraph
• ELEMENT : denoptim.fragmenter.ScaffoldingPolicy
• elm : denoptim.utils.DummyAtomHandler
• elSymbol : denoptim.json.LWAtom
• embeddedRingsContract : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• embedPatternsInTemplates() : denoptim.graph.DGraph
• embedRingsInTemplate : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• EMPTYCARDNAME : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel, denoptim.gui.VertexViewPanel
• EmptyVertex() : denoptim.graph.EmptyVertex, denoptim.graph.Vertex.VertexType
• emptyViewerCard : denoptim.gui.VertexViewPanel
• enableGraphDependentButtons() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• enablePartialData() : denoptim.gui.MoleculeViewPanel
• endOfSampleRegex : denoptim.files.FileFormat
• enforceAPSelection : denoptim.gui.GUIVertexSelector
• enforceSymmetry : denoptim.fragspace.FragmentSpaceParameters
• engine : denoptim.fitness.FitnessProvider
• ensureConfigFolderExists() : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• ensureConsistencyWithExpectations() : denoptim.fragspace.GraphLinkFinderTest
• ensureFileExists() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• ensureFileExistsAndIsReadable() : denoptim.main.Main
• ensureFileExistsIfSet() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• ensureFragmenterParams() : denoptim.programs.mol2graph.Mol2GraphParameters
• ensureFragSpareParams() : denoptim.programs.mol2graph.Mol2GraphParameters
• ensureGoodAPRuleString() : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• ensureInRange() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• ensureIsPositive() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• ensureIsPositiveOrZero() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• ensureNotNull() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• ensureNoUnsetBondOrders() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• ensureNoUnsetBondOrdersSilent() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• ensureOutputExistsOrRelayError() : denoptim.integration.tinker.TinkerUtils
• ensureUniqueApIDs() : denoptim.graph.DGraph
• ensureVertexIDConsistency() : denoptim.utils.GraphUtils
• entriesInFile : denoptim.utils.SizeControlledSet
• enUsLocale : denoptim.ga.EAUtils
• EOL : denoptim.constants.DENOPTIMConstants, denoptim.fragspace.FragsCombinationIterator
• equals() : denoptim.ga.XoverSite, denoptim.graph.APClass, denoptim.graph.CandidateLW, denoptim.graph.RelatedAPPair, denoptim.graph.SymmetricSetWithMode, denoptim.programs.fragmenter.CuttingRule, denoptim.utils.ObjectPair
• errMsg : denoptim.task.Task
• error : denoptim.graph.Candidate, denoptim.graph.CandidateLW
• errorMsg : denoptim.main.Behavior
• errorOutput : denoptim.task.ProcessHandler
• escapeCharactersForSMARTSViewer() : denoptim.gui.CuttingRulesSelectionDialog
• eservice : denoptim.task.TasksBatchManager
• evaluate3DPathClosability() : denoptim.graph.rings.PathClosabilityTools
• evaluateClosability() : denoptim.graph.rings.RingClosureFinder
• evaluateConstitutionalClosability() : denoptim.graph.rings.PathClosabilityTools
• evaluateRCVPair() : denoptim.graph.rings.RingSizeManager
• evoChart : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• evoChartPanel : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• evolInspectorTabUID : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• EvolutionaryAlgorithm() : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• evolvePopulation() : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• evoPlot : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• evoSeriesBtn : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• evoSeriesCheckList : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• ex : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• excludedMutationTypes : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• executeTasks() : denoptim.task.TasksBatchManager
• executor : denoptim.programs.denovo.GARunner
• exhaustiveConfSrch : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• exitCode : denoptim.task.ProcessHandler
• exitStatus : denoptim.main.Behavior
• EXP_DIFF : denoptim.gui.GAParametersForm.ProbabilityFuncitonShape
• expandable : denoptim.gui.GraphViewerPanel.JVertex
• expected : denoptim.fragspace.FragmentSpaceTest.TestCase
• expectedGraphs : denoptim.ga.GraphOperationsTest.ExtractPatternCase
• expectedSize : denoptim.ga.GraphOperationsTest.ExtractPatternCase
• explicitHydrogens() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• exploreCombinationsAtGivenLevel() : denoptim.combinatorial.CombinatorialExplorerByLayer
• exploreConnectedToAtom() : denoptim.utils.DummyAtomHandler
• exploreConnectivity() : denoptim.fragmenter.FragmenterTools
• exploreHapticity() : denoptim.fragmenter.FragmenterTools
• exploreMolecule() : denoptim.utils.AtomOrganizer
• expression : denoptim.fitness.FitnessProvider
• EXTEND : denoptim.utils.MutationType
• extendCurrentGraph() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• extendGraph() : denoptim.ga.GraphOperations
• extendGraphFromFragSpace() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• extendLink() : denoptim.ga.GraphOperations
• extension : denoptim.files.FileFormat
• ExternalCmdsListener() : denoptim.ga.ExternalCmdsListener
• externalExe : denoptim.fitness.FitnessParameters
• extractClusterableFragments() : denoptim.fragmenter.ConformerExtractorTask
• extractIACForSubgraph() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• extractPattern() : denoptim.graph.DGraph
• ExtractPatternCase() : denoptim.ga.GraphOperationsTest.ExtractPatternCase
• extractSubgraph() : denoptim.graph.DGraph