- e -

• Edge() : denoptim.graph.Edge
• EdgeFinder() : denoptim.graph.DGraph.EdgeFinder
• EdgeQuery() : denoptim.graph.EdgeQuery
• editGraph() : denoptim.graph.DGraph
• embedPatternsInTemplates() : denoptim.graph.DGraph
• embedRingsInTemplate() : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• EmptyVertex() : denoptim.graph.EmptyVertex
• enableGraphDependentButtons() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• enablePartialData() : denoptim.gui.MoleculeViewPanel
• enforceSymmetry() : denoptim.fragspace.FragmentSpaceParameters
• ensureConfigFolderExists() : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• ensureConsistencyWithExpectations() : denoptim.fragspace.GraphLinkFinderTest
• ensureFileExists() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• ensureFileExistsAndIsReadable() : denoptim.main.Main
• ensureFileExistsIfSet() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• ensureFragmenterParams() : denoptim.programs.mol2graph.Mol2GraphParameters
• ensureFragSpareParams() : denoptim.programs.mol2graph.Mol2GraphParameters
• ensureGoodAPRuleString() : denoptim.gui.GUIVertexInspector
• ensureInRange() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• ensureIsPositive() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• ensureIsPositiveOrZero() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• ensureNotNull() : denoptim.programs.RunTimeParameters
• ensureNoUnsetBondOrders() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• ensureNoUnsetBondOrdersSilent() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• ensureOutputExistsOrRelayError() : denoptim.integration.tinker.TinkerUtils
• ensureUniqueApIDs() : denoptim.graph.DGraph
• ensureVertexIDConsistency() : denoptim.utils.GraphUtils
• equals() : denoptim.ga.XoverSite, denoptim.graph.APClass, denoptim.graph.CandidateLW, denoptim.graph.RelatedAPPair, denoptim.graph.SymmetricSetWithMode, denoptim.programs.fragmenter.CuttingRule, denoptim.utils.ObjectPair
• escapeCharactersForSMARTSViewer() : denoptim.gui.CuttingRulesSelectionDialog
• evaluate3DPathClosability() : denoptim.graph.rings.PathClosabilityTools
• evaluateClosability() : denoptim.graph.rings.RingClosureFinder
• evaluateConstitutionalClosability() : denoptim.graph.rings.PathClosabilityTools
• evaluateRCVPair() : denoptim.graph.rings.RingSizeManager
• EvolutionaryAlgorithm() : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• evolvePopulation() : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• executeTasks() : denoptim.task.TasksBatchManager
• explicitHydrogens() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• exploreCombinationsAtGivenLevel() : denoptim.combinatorial.CombinatorialExplorerByLayer
• exploreConnectedToAtom() : denoptim.utils.DummyAtomHandler
• exploreConnectivity() : denoptim.fragmenter.FragmenterTools
• exploreHapticity() : denoptim.fragmenter.FragmenterTools
• exploreMolecule() : denoptim.utils.AtomOrganizer
• extendCurrentGraph() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• extendGraph() : denoptim.ga.GraphOperations
• extendGraphFromFragSpace() : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• extendLink() : denoptim.ga.GraphOperations
• ExternalCmdsListener() : denoptim.ga.ExternalCmdsListener
• extractClusterableFragments() : denoptim.fragmenter.ConformerExtractorTask
• extractIACForSubgraph() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• extractPattern() : denoptim.graph.DGraph
• ExtractPatternCase() : denoptim.ga.GraphOperationsTest.ExtractPatternCase
• extractSubgraph() : denoptim.graph.DGraph