Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- m -

• M2G : denoptim.main.Main.RunType
• M2G_PARAM : denoptim.files.FileFormat.DataKind, denoptim.files.FileFormat
• M2G_PARAMS : denoptim.programs.RunTimeParameters.ParametersType
• main() : denoptim.main.Main
• mainPanel : denoptim.gui.GUI, denoptim.gui.GUICardPanel, denoptim.gui.MainToolBar
• MainToolBar() : denoptim.gui.MainToolBar
• make() : denoptim.graph.APClass
• make3dTree() : denoptim.fitness.FitnessParameters
• make3DTrees : denoptim.fitness.FitnessParameters
• make3DusingCDKgenerator() : denoptim.gui.FragmentViewPanel
• makeAllGraphsWithDifferentRingSets() : denoptim.graph.DGraph
• makeCheckPoint() : denoptim.combinatorial.CombinatorialExplorerByLayer
• makeCopy() : denoptim.fitness.DescriptorForFitness
• makeDeeplyEmbeddedGraph() : denoptim.graph.DGraphTest
• makeDisorderedGraph() : denoptim.graph.DGraphTest
• makeFragment() : denoptim.graph.FragmentTest
• makeFragmentA() : denoptim.graph.FragmentTest
• makeFragmentB() : denoptim.graph.FragmentTest
• makeFragmentC() : denoptim.graph.FragmentTest
• makeFragSpace() : denoptim.gui.FSParamsDialog
• makeGraphA() : denoptim.ga.PopulationTest
• makeGraphB() : denoptim.ga.PopulationTest
• makeGraphC() : denoptim.ga.PopulationTest
• makeGraphD() : denoptim.ga.PopulationTest
• makeGraphE() : denoptim.ga.PopulationTest
• makeGraphF() : denoptim.ga.PopulationTest
• makeGraphFromFragmentationOfMol() : denoptim.ga.EAUtils
• makeIBitFingerprint() : denoptim.fitness.FitnessExpressionParser
• makeIBitFingerprintBySubstructure() : denoptim.fitness.FitnessExpressionParser
• makeIFingerprinter() : denoptim.fitness.descriptors.TanimotoMolSimilarity, denoptim.fitness.FitnessExpressionParser
• makeInvariant() : denoptim.graph.simplified.UndirectedEdge
• makeIsostructuralGraphs() : denoptim.graph.DGraphTest
• makeMolecularRepresentation() : denoptim.graph.rings.PathSubGraph
• makeOffspringA() : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• makeOffspringB() : denoptim.ga.EvolutionaryAlgorithm
• makePathologicalFragment() : denoptim.graph.FragmentIsomorphismInspectorTest
• makePictures : denoptim.fitness.FitnessParameters
• makeRandomScaffold() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• makeReorderedCopy() : denoptim.utils.AtomOrganizer
• makeSameAs() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• makeSameAtomAs() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• makeStringArray() : denoptim.fitness.FitnessExpressionParser
• makeTestGraph0() : denoptim.graph.DGraphTest
• makeTestGraph1() : denoptim.graph.DGraphTest
• makeTestGraphA() : denoptim.fragspace.GraphLinkFinderTest, denoptim.graph.DGraphTest, denoptim.graph.rings.PathSubGraphTest, denoptim.graph.rings.RingSizeManagerTest
• makeTestGraphA2() : denoptim.graph.DGraphTest
• makeTestGraphB() : denoptim.graph.DGraphTest, denoptim.graph.rings.PathSubGraphTest
• makeTestGraphC() : denoptim.graph.DGraphTest
• makeTestGraphD() : denoptim.graph.DGraphTest
• makeTestGraphDSub1() : denoptim.graph.DGraphTest
• makeTestGraphDSub2() : denoptim.graph.DGraphTest
• makeTestGraphE() : denoptim.fragspace.GraphLinkFinderTest, denoptim.graph.DGraphTest
• makeTestGraphF() : denoptim.fragspace.GraphLinkFinderTest, denoptim.graph.DGraphTest
• makeTestGraphG() : denoptim.graph.DGraphTest
• makeTestGraphH() : denoptim.graph.DGraphTest
• makeTestGraphI() : denoptim.graph.DGraphTest
• makeTestGraphJ() : denoptim.graph.DGraphTest
• makeTestGraphK() : denoptim.graph.DGraphTest
• makeTestGraphL() : denoptim.graph.DGraphTest
• makeTestGraphM() : denoptim.graph.DGraphTest
• makeTestGraphN() : denoptim.graph.DGraphTest
• manageFragmentCollection() : denoptim.fragmenter.FragmenterTools
• MANAGEMWSLOTSSLOCK : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• MANUAL : denoptim.ga.EAUtils.CandidateSource
• MANUALADDATTEMPTS : denoptim.logging.CounterID
• ManySMARTSQuery() : denoptim.utils.ManySMARTSQuery
• mapAPClassCompatibilities() : denoptim.fragspace.FragmentSpace
• mapAPs : denoptim.gui.FragmentViewPanel, denoptim.gui.VertexAsGraphViewPanel, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel
• mapid : denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunnerParameters
• mapItemsInByLevel : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• mapKeyFieldToValueField : denoptim.gui.FitnessParametersForm, denoptim.gui.FSEParametersForm, denoptim.gui.FSParametersForm, denoptim.gui.GAParametersForm, denoptim.gui.GUIPrepareFitnessRunner.InputForm
• matchCounter : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm
• MatchedBond() : denoptim.programs.fragmenter.MatchedBond
• matches() : denoptim.io.SMILESListFormat
• matchesAPClass() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.TargetAPClassToken
• matchesExpected() : denoptim.ga.GraphOperationsTest.ExtractPatternCase
• max() : denoptim.utils.StatUtils
• maxCombs : denoptim.fragspace.APMapFinder, denoptim.fragspace.GraphLinkFinder
• maxCoord : denoptim.molecularmodeling.ThreeDimTreeBuilder
• maxFragHeavyAtomCount : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• maxGeneticOpAttempts : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• maxHeavyAtom : denoptim.fragspace.FragmentSpaceParameters
• MAXISOMORPHICSAMPLESIZE : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• maxIterations : denoptim.gui.DNPSpringLayout< V, E >
• maxLevel : denoptim.gui.GUIInspectFSERun, denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters
• maxLevelCrowdProbPlot : denoptim.gui.GAParametersForm
• maxLevelProbPlot : denoptim.gui.GAParametersForm
• maxLng : denoptim.graph.rings.CyclicGraphHandler
• maxMolSizeProbPlot : denoptim.gui.GAParametersForm
• maxMW : denoptim.fragspace.FragmentSpaceParameters
• maxNoiseUnimodalPop : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• maxOffsprintFromXover : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• maxParallelPrograms : denoptim.task.StaticTaskManager
• maxProgressBar : denoptim.task.StaticTaskManager
• maxRcaPerType : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• maxRingClosures : denoptim.graph.rings.RandomCombOfRingsIterator, denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• maxRingsAddedByMutation : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• maxRingSize : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• maxRotatableBond : denoptim.fragspace.FragmentSpaceParameters
• maxRotBonds : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• maxSize : denoptim.utils.SizeControlledSet
• maxSwappableChainLength : denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunnerParameters
• maxTriesPerPop : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• maxUIDMemory : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• maxWait : denoptim.programs.combinatorial.CEBLParameters
• maxXOverableSubGraphSize : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• mean() : denoptim.utils.MathUtils, denoptim.utils.StatUtils
• median() : denoptim.utils.StatUtils
• menu : denoptim.gui.ScrollableJPupupMenu
• menuDenoptim : denoptim.gui.MainToolBar
• menuFile : denoptim.gui.MainToolBar
• menuPanel : denoptim.gui.ScrollableJPupupMenu
• mergeClusters() : denoptim.fragmenter.FragmentClusterer
• mergeIntoOneFile() : denoptim.files.FileUtils
• message : denoptim.utils.ManySMARTSQuery
• metalCoordinatingAPClasses : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• min() : denoptim.utils.StatUtils
• minFitnessSD : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• minFragHeavyAtomCount : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• MINIMUMJAVAVERSION : denoptim.logging.Version
• minLevel : denoptim.gui.GUIInspectFSERun
• minLevelCrowdProbPlot : denoptim.gui.GAParametersForm
• minLevelProbPlot : denoptim.gui.GAParametersForm
• minMolSizeProbPlot : denoptim.gui.GAParametersForm
• minRcaPerType : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• minRingClosures : denoptim.graph.rings.RingClosureParameters
• minRMSD : denoptim.fragmenter.FragmentAlignement
• minSrcAPClassName : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatibilityRuleLine, denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatRulesHeader
• missmatchingAromaticity() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• MMB_PARAM : denoptim.programs.RunTimeParameters.ParametersType
• MMBuilderParameters() : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MMBuilderParameters
• mnt : denoptim.ga.OffspringEvaluationTask
• mode : denoptim.graph.DGraph.EdgeFinder, denoptim.graph.SymmetricSetWithMode
• mol : denoptim.graph.Fragment, denoptim.graph.rings.RingSizeManager, denoptim.graph.Template, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• Mol2Graph() : denoptim.programs.mol2graph.Mol2Graph
• Mol2GraphParameters() : denoptim.programs.mol2graph.Mol2GraphParameters
• molCounter : denoptim.utils.GraphUtils
• MOLDIGITS : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• MolecularFragment : denoptim.graph.Vertex.VertexType
• MolecularModelBuilder() : denoptim.programs.moldecularmodelbuilder.MolecularModelBuilder
• moleculeToPNG() : denoptim.utils.MoleculeUtils
• MoleculeViewPanel() : denoptim.gui.MoleculeViewPanel
• MOLERRORTAG : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• molGraph : denoptim.graph.rings.RandomCombOfRingsIterator, denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel, denoptim.molecularmodeling.MultiMolecularModelBuilder
• molGrowthMultiplier : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• molGrowthProbabilityScheme : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• molGrowthSigmaMiddle : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• molGrowthSigmaSteepness : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• molId : denoptim.fragspace.IdFragmentAndAP
• molLibrary : denoptim.gui.GUIGraphHandler
• molName : denoptim.ga.OffspringEvaluationTask, denoptim.integration.tinker.TinkerMolecule, denoptim.molecularmodeling.ChemicalObjectModel, denoptim.molecularmodeling.MultiMolecularModelBuilder
• MOLPROPAPxATOM : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• MOLPROPAPxBOND : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• MOLPROPAPxEDGE : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• MOLPROPAPxVID : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• MOLSDF : denoptim.files.FileFormat
• molSizeProbData : denoptim.gui.GAParametersForm
• molsWithFitness : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• MolToGraphParametersDialog() : denoptim.gui.MolToGraphParametersDialog
• molTyp : denoptim.fragspace.IdFragmentAndAP
• molViewer : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel, denoptim.gui.GUIInspectFSERun, denoptim.gui.GUIInspectGARun
• molViewerCardHolder : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• MOLVIEWERCARDNAME : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel, denoptim.gui.VertexViewPanel
• molViewerEmptyCard : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• molViewerHeader : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• molViewerNeedUpdateCard : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• molViewerPanel : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• Monitor() : denoptim.logging.Monitor
• monitorChart : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• monitorChartPanel : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• monitorDatasets : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• monitorDumpStep : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• monitorFile : denoptim.logging.Monitor, denoptim.programs.denovo.GAParameters
• monitorPlot : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• monitorSeriesBtn : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• monitorSeriesCheckList : denoptim.gui.GUIInspectGARun
• mouseClicked() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatibilityRuleLine, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• mouseDragged() : denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• mouseEntered() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatibilityRuleLine, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• mouseExited() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatibilityRuleLine, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• mouseMoved() : denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• mousePressed() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatibilityRuleLine, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• mouseReleased() : denoptim.gui.CompatibilityMatrixForm.CompatibilityRuleLine, denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• mouseWheelMoved() : denoptim.gui.VertexAsTwoDimStructureViewPanel.TwoDimStructurePanel
• moveDividerLocation() : denoptim.gui.GraphVertexMolViewerPanel
• moveTo() : denoptim.integration.tinker.TinkerAtom
• mt : denoptim.utils.Randomizer
• MultiMolecularModelBuilder() : denoptim.molecularmodeling.MultiMolecularModelBuilder
• mustParseToInt() : denoptim.gui.GUIPreferencesDialog
• mutatedGraphFailedEvalTolerant : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• MUTATION : denoptim.ga.EAUtils.CandidateSource, denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunnerParameters.Operator
• mutationFailureTolerant : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• mutationTarget : denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunnerParameters
• mutationType : denoptim.programs.genetweeker.GeneOpsRunnerParameters
• mutationWeight : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• MUTATTEMPTS : denoptim.logging.CounterID
• mutliSiteMutationWeights : denoptim.programs.denovo.GAParameters
• MUTPARENTSEARCH : denoptim.logging.CounterID
• MWSLOTFRAGSALLFILENANEEND : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• MWSLOTFRAGSFILENAMEROOT : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• MWSLOTFRAGSUNQFILENANEEND : denoptim.constants.DENOPTIMConstants
• mwSlotSize : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• mwSlotToAllFragsFile : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• mwSlotToUnqFragsFile : denoptim.programs.fragmenter.FragmenterParameters
• MyJSVGCanvas() : denoptim.gui.CuttingRulesSelectionDialog.MyJSVGCanvas